部队扣三个月工资并非一种明确的、普遍适用的处罚措施，其是否合法及具体性质需根据具体情况来判断。以下从不同角度进行分析：
合法性角度：
- 一般情况：在普通的劳动关系中，用人单位（包括部队作为特殊用人单位）通常不能随意扣除员工工资，除非有明确的法律法规依据或合同约定。若部队扣除员工三个月工资，且没有合法依据，那么这种行为可能构成违法。
- 特殊情况：如果部队员工因违反部队纪律或规定，且该纪律或规定明确规定了扣除工资作为处罚措施，并且这种扣除不违反国家法律法规的强制性规定，那么这种扣除可能是合法的。但即便如此，扣除的金额和期限也应当合理，不能过度侵犯员工的合法权益。
处罚性质角度：
- 纪律处分：如果扣除工资是作为对员工违反部队纪律的一种处罚，那么这种处罚应当属于纪律处分范畴。纪律处分通常包括警告、记过、降级、撤职、开除等，扣除工资可能作为其中的一种辅助措施。但需要注意的是，纪律处分应当遵循一定的程序和规定，不能随意进行。
- 经济赔偿：如果扣除工资是因为员工给部队造成了经济损失，且这种扣除是作为经济赔偿的一种方式，那么这种扣除可能具有合法性。但同样需要确保扣除的金额与损失金额相当，不能过度扣除。
法律后果角度：
- 违法扣除的后果：如果部队违法扣除员工工资，员工有权向相关部门投诉或提起劳动仲裁，要求部队补发工资并可能获得赔偿。
- 合法扣除的合规性：即使扣除工资是合法的，部队也需要确保扣除的程序和金额符合法律法规和部队内部规定，否则仍可能面临法律风险。
建议：
- 如果你是部队员工，且认为部队扣除你工资的行为不合法或不合理，你可以先与部队相关部门进行沟通协商，了解扣除的具体原因和依据。
- 如果沟通无果，你可以向当地的劳动监察部门投诉或提起劳动仲裁，维护自己的合法权益。
- 在处理此类问题时，建议保留好相关证据，如工资条、扣除通知等，以便在需要时提供证明。
总结：部队扣除三个月工资并非一种普遍适用的处罚措施，其合法性及具体性质需根据具体情况来判断。如果你面临此类问题，建议先与部队相关部门沟通协商，必要时寻求法律援助。有问题可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供更详细的法律建议。