结论是：在女下属声称男领导性骚扰并达成赔偿后，撰写一份协议是非常有必要的。以下是从不同角度对此问题的详细分析：
一、协议的法律效力与保障作用
明确双方权利义务：
- 协议可以详细记录性骚扰事件的基本情况、赔偿金额、支付方式、支付时间等关键信息，确保双方对赔偿事宜有清晰、一致的理解。
- 通过协议，可以明确双方在此事件中的权利和义务，避免未来因理解不一致而产生的纠纷。
法律约束力：
- 一旦协议签署，即具有法律约束力。如果一方违反协议规定，另一方可以依据协议向法院提起诉讼，要求违约方承担相应的法律责任。
- 协议的存在为双方提供了一个明确的法律框架，有助于维护双方的合法权益。
二、协议的具体内容与撰写要点
事件描述：
- 协议应详细描述性骚扰事件的时间、地点、经过等基本情况，以便在必要时作为证据使用。
赔偿条款：
- 明确赔偿金额、支付方式（如一次性支付或分期支付）、支付时间等具体细节。
- 可以约定如果赔偿方未按时支付赔偿金，应承担的违约责任，如支付违约金或加倍支付赔偿金等。
保密条款：
- 考虑到性骚扰事件的敏感性，协议中可以加入保密条款，要求双方对此事件保持沉默，不得向第三方透露相关信息。
- 保密条款有助于保护双方的隐私和名誉，避免事件进一步扩大化。
争议解决方式：
- 协议中可以约定如果双方在未来因本协议产生争议，应通过何种方式解决，如协商、调解或诉讼等。
- 明确的争议解决方式有助于减少未来可能出现的法律纠纷。
三、不撰写协议可能带来的风险
证据缺失：
- 如果没有协议作为证据，一旦未来出现纠纷，双方可能难以证明各自的主张，导致法院难以作出公正的裁决。
赔偿难以执行：
- 没有协议约束，赔偿方可能拒绝支付赔偿金或拖延支付时间，给受害方带来经济损失和心理压力。
隐私泄露风险：
- 如果没有保密条款的约束，双方可能随意向第三方透露事件详情，导致隐私泄露和名誉受损。
四、实际操作建议
- 寻求专业帮助：在撰写协议时，建议双方寻求专业律师的帮助，确保协议内容合法、有效且符合双方利益。
- 仔细阅读并理解协议：在签署协议前，双方应仔细阅读协议内容，确保自己完全理解并同意协议中的各项条款。
- 保留协议副本：签署协议后，双方应各自保留一份协议副本作为证据，以备不时之需。
如有任何关于性骚扰赔偿协议的具体问题或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。我将根据您的具体情况提供个性化的法律建议。