结论：厂里皮卡车后斗加盖是否合法不能一概而论，需分情况讨论。

1. 从车辆登记与改装规定角度
   根据《机动车登记规定》，皮卡车属于货车类别，其结构、构造或特征（如后斗加盖）的变更需向登记地车辆管理所申请变更登记。若未办理变更登记，擅自加盖可能被认定为非法改装，面临警告或罚款（通常200元以下），甚至责令恢复原状。
   例外：若加盖的材质、尺寸与原车设计高度一致（如原厂选装配置），且未改变车辆长度、宽度、高度等核心参数，可能无需额外审批。但实践中需以车管所认定为准。

2. 从道路交通安全角度
   加盖后需确保不影响车辆安全性能，例如：

   • 盖体固定牢固，行驶中无脱落风险；
     
   • 不遮挡后视镜视野或车牌；
     
   • 不超出车辆外廓尺寸（长、宽、高）。
     若加盖导致超限（如高度超过4米），可能违反《道路交通安全法》第四十八条，面临罚款并责令整改。

3. 从地方性法规角度
   部分城市对皮卡车进城有特殊限制（如需办理通行证），加盖后若被认定为“改变车辆用途”（如从货运转为客货混装），可能影响通行证申请。建议提前咨询当地交管部门。

建议：

• 加盖前向车辆登记地车管所咨询是否需要变更登记；
  
• 保留加盖部件的合格证明及安装发票，以备查验；
  
• 定期检查盖体固定情况，避免行驶中松动。
  

如有进一步疑问，可直接向我咨询具体操作流程或地方政策。