结论：租赁合同中约定休息不能超过两天，但租赁公司未通知扣款是否合法，需根据合同具体条款、租赁公司行为是否符合合同约定及法律规定来判断。
分析：
合同条款的明确性：
- 首先，要查看租赁合同中关于“休息不能超过两天”的具体条款。如果条款明确规定了超过两天休息的违约责任，包括扣款等具体措施，那么租赁公司有权按照合同执行。
- 若合同中仅规定了休息时间的限制，但未明确违约责任或扣款条款，则租赁公司未经协商单方面扣款可能缺乏合同依据。
租赁公司的通知义务：
- 即便合同中有扣款条款，租赁公司通常也有义务在执行扣款前通知承租人，并说明扣款的原因和金额。这是为了保障承租人的知情权。
- 如果租赁公司未履行通知义务，直接扣款可能构成违约或不当得利，承租人有权要求租赁公司返还扣款或承担其他违约责任。
法律规定的考量：
- 根据《民法典》等相关法律法规，合同双方应当遵循公平、诚实信用的原则履行合同义务。租赁公司未经承租人同意单方面扣款，可能违反了这一原则。
- 如果扣款行为缺乏合同依据或法律依据，承租人可以通过法律途径维护自己的合法权益，如要求租赁公司返还扣款、赔偿损失等。
建议：
- 查看合同条款：首先，仔细阅读租赁合同，了解关于休息时间和违约责任的具体规定。
- 与租赁公司沟通：如果认为租赁公司的扣款行为不合理或未履行通知义务，可以与租赁公司进行沟通，要求其说明扣款的原因和依据。
- 寻求法律帮助：如果沟通无果，或者认为租赁公司的行为违反了合同约定或法律规定，可以咨询专业律师（比如我），了解自己的法律权益和维权途径。
可能的法律后果：
- 如果租赁公司的扣款行为缺乏合同依据或法律依据，承租人可能要求租赁公司返还扣款，并可能要求赔偿因扣款造成的损失。
- 如果租赁公司的行为构成违约或侵权，承租人还可以通过法律途径追究租赁公司的法律责任。
在处理此类问题时，建议承租人保持冷静，通过合法途径维护自己的权益。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。