针对您提出的“备案设施农用地的主体不是本村人怎么办”这一问题，以下是我为您提供的详细解答：
首先，需要明确的是，设施农用地的备案主体并不严格限定于本村村民。根据相关规定，设施农用地的备案主要关注的是项目的合法性、用地规模的合理性以及土地复垦责任的落实等，而非经营者的户籍身份。
一、备案流程与要求
经营者申请：无论经营者是否为本村村民，均需向土地权属归属地的农村集体经济组织或村民委员会（以下简称村级组织）提出使用申请。申请内容应包括项目名称、拟用地位置、拟建设类型、用途、用地面积、生产期限等基本情况。
签订协议：村级组织应就用地申请充分征求用地范围内的村民小组和相邻权利人的意见。协商一致后，将用地单位（经营者）、项目名称、地点、用途、生产期限、用地规模、用地补偿、生产建设活动中损毁的土地复垦措施及时限、土地交还和违约责任等情况在村民小组范围内公示，公示时间不少于5个工作日。公示期满无异议的，由村级组织和经营者共同签订用地使用协议。
乡镇政府备案：用地协议签订后，由村级组织或经营者向乡镇政府申请备案。乡镇政府会对设施农业建设的必要性和可行性、用地规模是否符合规定、经营者农业经营能力和流转合同的合法性进行审核，并提出备案建议。
二、非本村村民备案的注意事项
合法经营：非本村村民作为设施农用地的经营者，必须确保项目的合法性，包括符合当地规划、取得必要的审批手续等。
土地复垦责任：无论经营者是否为本村村民，均需落实土地复垦责任，确保用地结束后土地能够恢复原用途。
村民同意：虽然备案主体不限于本村村民，但用地申请需经过村级组织和村民小组的同意，并公示无异议。这是确保项目顺利实施和避免纠纷的重要环节。
三、特殊情况处理
如果非本村村民在备案过程中遇到特殊困难或问题，如村民反对、用地规模争议等，建议积极与村级组织、乡镇政府沟通协商，寻求解决方案。必要时，可以咨询专业律师或相关部门的意见。
综上所述，备案设施农用地的主体并不严格限定于本村村民。只要经营者符合相关规定和要求，能够确保项目的合法性和土地复垦责任的落实，就可以进行备案。希望以上解答能够对您有所帮助。