关于函授站合作代理是否合法的问题，这需要从教育部的相关规定和政策导向来进行详细分析。

首先，根据教育部发布的通知，如“教育部:成人高考录取启动 严格规范招生行为”中明确指出，成人高校招生工作要严禁委托函授站（点）、教学点、合作办学单位、中介机构或个人以“代招”“代理”等名义介入成人高校招生录取工作。这一规定直接指向了函授站合作代理在招生环节上的合法性，即函授站或相关机构不得以代理名义介入招生录取，这是为了维护招生秩序的公正性和透明度，防止不正当竞争和违规操作。

进一步地，从教育部的整体政策导向来看，对于校外培训、合作办学等领域的监管日益严格，旨在保障教育质量，维护学生权益。虽然直接针对函授站合作代理的法规可能并未明确提及“合法”或“非法”的定性，但通过上述招生行为的规范要求，可以推断出未经授权或违反规定的函授站合作代理行为是不被允许的。

那么，对于函授站而言，如果想要开展合作或代理活动，应当遵循哪些原则呢？

1. 合法合规：必须确保所有合作和代理活动都符合教育部的相关规定和政策导向，不违反招生、教学等方面的禁止性规定。

2. 明确授权：如果函授站希望与其他机构或个人进行合作，应当获得相关教育行政部门的明确授权，确保合作行为的合法性和有效性。

3. 透明公开：合作和代理活动应当透明公开，接受社会监督，确保所有参与方的权益得到保障。

4. 质量保障：无论何种形式的合作或代理，都应当以保障教育质量为前提，不得因追求经济利益而损害学生的受教育权。

综上所述，函授站合作代理在未经授权或违反规定的情况下是不合法的。函授站应当严格遵守教育部的相关规定和政策导向，确保所有合作和代理活动都合法合规、透明公开，并始终以保障教育质量为首要任务。如果您在具体操作中遇到疑问或需要进一步的指导，建议直接咨询当地的教育行政部门或相关法律机构。