关于自动离职时公司如何补偿工资的问题，这确实是一个涉及劳动法规定和实际情况的复杂议题。以下是我为您提供的详细解答：
首先，我们需要明确“自动离职”的定义。自动离职通常指的是劳动者未经用人单位同意，擅自离开工作岗位，从而终止劳动关系的行为。在这种情况下，公司的补偿方式会因具体情形而有所不同。
一、公司无需补偿的情况
劳动者因个人原因主动离职：如果劳动者是因为个人发展、家庭因素等自身原因主动离职，且用人单位不存在法定过错（如未按照劳动合同约定提供劳动保护或劳动条件、未及时足额支付劳动报酬等），那么用人单位一般无需支付经济补偿。
劳动者擅自离岗给公司造成损失：如果劳动者擅自离岗，且给公司造成了经济损失，公司可能会根据实际情况扣除部分工资作为赔偿。但这种情况下的扣除必须合法合理，且不能超过劳动者当月工资的20%，同时扣除后的剩余工资不得低于当地最低工资标准。
二、公司需要补偿的情况
用人单位存在法定过错：如果劳动者因用人单位存在未按约定提供劳动保护、未及时足额支付劳动报酬、未依法缴纳社保等法定过错情形而自动离职，那么用人单位需要支付经济补偿。经济补偿的标准是按照劳动者在本单位工作的年限，每满一年支付一个月工资的标准向劳动者支付。六个月以上不满一年的，按一年计算；不满六个月的，向劳动者支付半个月工资的经济补偿。
用人单位以暴力、威胁或非法限制人身自由手段强迫劳动：如果用人单位以暴力、威胁或者非法限制人身自由的手段强迫劳动者劳动，或者违章指挥、强令冒险作业危及劳动者人身安全，导致劳动者自动离职，那么用人单位也需要支付经济补偿，计算方式同上。
三、工资支付问题
无论劳动者是自动离职还是正常离职，用人单位都应在解除或终止劳动合同时一次性付清劳动者工资，不得克扣或无故拖欠。这是劳动法规定的用人单位的基本义务。
四、争议解决途径
如果劳动者对补偿金额有异议，或者不清楚自己的权益如何保障，可以通过以下途径解决：
与用人单位协商：首先尝试与用人单位进行友好协商，寻求双方都能接受的解决方案。
向劳动监察部门投诉：如果协商无果，可以向当地的劳动监察部门投诉，请求其介入调查并处理。
申请劳动仲裁：如果对劳动监察部门的处理结果不满意，或者认为自己的权益受到了严重侵害，可以向劳动争议仲裁委员会申请劳动仲裁，通过法律途径维护自己的合法权益。
综上所述，自动离职时公司如何补偿工资取决于具体情形和劳动法的规定。希望以上解答能够帮助您更好地理解这个问题，并在必要时采取合适的措施维护自己的权益。