当遇到两人在店里打架的情况时，作为店主或店内工作人员，应当迅速而冷静地采取以下措施来处理：

一、立即制止并保护现场

1. 迅速制止：首先，要立即上前制止打架行为，防止事态进一步恶化，避免造成更严重的伤害或财产损失。

2. 保护现场：尽量保持现场原状，不要随意移动或破坏任何可能作为证据的物品，如打斗中掉落的物品、损坏的家具等。同时，确保店内的监控录像设备正常运行，以便后续调查取证。

二、报警并配合警方调查

1. 及时报警：在制止打架行为后，应立即拨打当地警方的报警电话，详细报告打架的时间、地点、参与人数以及是否有受伤等情况。

2. 配合调查：警方到达现场后，要积极配合警方的调查工作，提供现场目击者的联系方式、监控录像等证据，协助警方确定打架的原因、经过和责任。

三、关注伤情并安排鉴定

1. 检查伤情：在制止打架行为后，要迅速检查参与打架的人员是否有受伤情况，特别是要关注是否有重伤或危及生命的情况。

2. 安排鉴定：如果发现有受伤人员，应立即联系医疗机构进行救治，并安排伤情鉴定。伤情鉴定结果将作为后续处理的重要依据，特别是当伤情达到轻伤及以上程度时，可能涉及刑事责任。

四、处理民事赔偿事宜

1. 明确责任：根据警方的调查结果和伤情鉴定报告，明确打架双方的责任。如果是一方过错导致打架，过错方需要承担主要赔偿责任；如果双方都有过错，则根据过错程度分担责任。

2. 协商赔偿：在明确责任后，应组织双方进行协商，就医疗费、误工费、护理费等民事赔偿事宜达成一致意见。如果协商不成，可以通过法律途径解决。

五、加强店内管理并预防类似事件

1. 加强安保：店内应增加安保人员或安装更先进的监控设备，提高店内的安全防范能力。

2. 制定规则：制定明确的店内行为规范，禁止在店内进行打架、斗殴等违法行为，并张贴在显眼位置以提醒顾客。

3. 培训员工：对店内员工进行安全培训，提高他们的应急处理能力和法律意识，确保在遇到类似事件时能够迅速而有效地应对。

总之，当遇到两人在店里打架的情况时，店主或店内工作人员应迅速制止并保护现场、及时报警并配合警方调查、关注伤情并安排鉴定、处理民事赔偿事宜以及加强店内管理并预防类似事件的发生。