可以起诉，但需结合具体情况判断诉讼方向及可行性。以下是具体分析：

1. 若以“排除妨害、恢复原状”为诉求，需注意时效与现状

• 根据《民法典》第236条，权利人可请求侵占人排除妨害或恢复原状。若土地已恢复原状，此诉求可能失去实际意义，但若恢复未达标准（如土地质量受损、附属设施未修复），仍可主张进一步恢复或赔偿。
• 关键点：需证明侵占行为与土地现状的因果关系，例如通过照片、证人证言、土地检测报告等固定证据。

2. 若以“赔偿损失”为诉求，时效问题需重点审查

• 诉讼时效为3年，自权利人知道或应当知道权利受损之日起算。若土地被侵占多年，需核查是否存在时效中断事由（如曾向对方主张权利、报警记录等）。
• 赔偿范围：包括土地被侵占期间的收益损失（如租金、农作物收益）、恢复原状的合理费用等。需通过评估报告、市场价格等量化损失。

3. 若涉及“土地承包经营权”纠纷，需结合农村土地承包法

• 若被侵占土地为承包地，根据《农村土地承包法》第56条，承包方有权要求停止侵害、返还土地并赔偿损失。即使土地已恢复，若侵占期间承包权受影响（如被转包、抵押），仍可主张权益。
• 特殊情形：若侵占人系集体经济组织成员，可能涉及内部调解程序，但调解不成仍可起诉。

4. 行政途径与民事诉讼的选择

• 若侵占行为涉及行政机关违法审批（如违规发证），可先通过行政复议或行政诉讼撤销违法行政行为，再主张民事赔偿。
• 优先顺序：建议先固定民事侵权证据，再根据行政行为合法性决定是否启动行政程序。

行动建议：

1. 立即取证：拍摄土地现状照片、视频，收集侵占期间的证人证言、土地使用记录等。
2. 咨询律师：携带土地权属证明（如承包合同、土地证）、侵占证据等材料，由律师分析诉讼策略及时效风险。
3. 发送律师函：在起诉前可向对方发送律师函，明确主张权利，为后续诉讼保留证据。

提示：农村土地纠纷常涉及历史遗留问题，证据固定需细致，建议尽早启动法律程序。如有进一步问题，可直接向我提供具体细节（如土地性质、侵占方式、恢复情况等），我将为您定制解决方案。