公司实行内部经营承包，承包费经股东大会讨论决定后的数额，在一般情况下是合法的，但具体合法性还需结合承包经营合同的具体内容、期限及相关法律法规进行综合判断。以下从不同角度对此问题进行分析：
一、股东大会决议的效力
股东大会作为公司的最高权力机构，其决议对公司具有约束力。在内部经营承包的情境下，如果股东大会通过合法程序讨论并决定了承包费的数额，这一决议在内部层面是有效的。然而，这并不意味着该决议在所有情况下都绝对合法，还需考虑其是否违反了相关法律法规或合同约定。
二、承包经营合同的合法性
合同内容合法性：承包经营合同的内容必须合法，不得违反法律法规的强制性规定。例如，合同中约定的承包费数额应当合理，不得存在显失公平或欺诈等情形。如果承包费数额过高或过低，且没有合理的解释或依据，可能引发法律纠纷。
合同期限合法性：对于非农村土地承包经营的其他企业承包经营合同，如企业内部的承包经营合同，其期限规定可能需遵循相关法律法规或合同约定。虽然股东大会可以决定承包费的数额，但合同期限的约定也需合法。如果合同中约定的承包经营期限超过了相关法律法规或合同约定的最长期限（如一般租赁合同不得超过二十年，但企业承包经营合同可能有所不同，需具体分析），那么超出的部分在法律上可能被视为无效。不过，这并不影响合同中其他合法部分的效力，包括承包费数额的约定。
三、法律建议与操作指南
明确合同内容：在签订承包经营合同时，应明确约定承包费数额、支付方式、期限等关键条款，并确保这些条款合法、合理、明确。
遵守法律法规：在制定和执行承包经营合同时，应严格遵守相关法律法规的规定，避免因违反法律规定而引发不必要的法律风险和纠纷。
及时续订或调整合同：如果承包经营期限即将届满，且双方希望继续合作，应及时续订合同或调整合同条款，以确保承包经营关系的连续性和合法性。
寻求专业法律意见：在签订或执行承包经营合同过程中，如果遇到法律问题或疑虑，应及时寻求专业律师的法律意见，以确保合同的合法性和有效性。
举例说明：假设某公司股东大会决定将公司内部某部门的承包经营权授予某员工，并约定了承包费数额和期限。如果该期限未超过相关法律法规或合同约定的最长期限，且承包费数额合理、合法，那么该决议和合同在法律上通常是有效的。然而，如果期限超过了法定最长期限或承包费数额存在显失公平等情形，那么该决议或合同部分可能面临法律挑战。
后续行动建议：如果您在签订或执行承包经营合同过程中遇到任何法律问题或疑虑，可以直接向我咨询。我将根据您的具体情况提供专业的法律意见和解决方案。