针对您提出的“申请调查令查老公给小三转的钱，但不知道银行卡怎么办”的问题，以下是我为您提供的详细解答：
一、初步沟通与自查
与配偶沟通：
- 首先，尝试与您的配偶进行坦诚的对话，了解其财务状况和是否有不当的财产转移行为。虽然这可能是一个敏感的话题，但坦诚的沟通有时能解决问题，避免进一步的法律纠纷。
自查家庭财务：
- 在不侵犯配偶隐私权的前提下，您可以检查家庭共同账户的交易明细，留意是否有可疑的大额转账记录。
- 如果您知道配偶可能使用的某些银行账户（即使不知道具体卡号），可以尝试通过银行客服或网上银行（如果知道登录信息）进行初步查询，但注意这可能需要配偶的授权或您有合法的理由。
二、申请法院调查令
准备充分理由和初步证据：
- 若初步自查无法解决问题，且您有充分理由怀疑配偶存在不正当财产转移行为，您可以考虑通过律师向法院申请调查令。
- 在申请时，您需要提供充分的理由和初步证据，如配偶的异常财务行为、可疑的转账记录等，以证明调查的必要性和合理性。
不知道银行卡号的处理：
- 如果您不知道配偶具体使用了哪张银行卡进行转账，您可以在申请调查令时，请求法院调查配偶名下所有银行账户的交易记录。
- 法院在批准调查令后，会指定具体的调查范围和对象，包括可能涉及的银行账户。
执行调查令：
- 一旦获得法院的调查令，您可以或委托律师前往相关银行，要求银行提供指定账户的交易流水和详细信息。
- 银行在收到法院的调查令后，有义务配合并提供相关证据。
三、其他调查途径
查询第三方支付平台记录：
- 除了银行账户外，您还可以考虑查询配偶可能使用的第三方支付平台（如微信、支付宝等）的交易记录。
- 如果您知道配偶的支付平台账号和密码，可以直接登录查看；如果不知道，可以尝试在获得配偶授权的情况下进行查询。
收集消费凭证：
- 留意家里是否有银行ATM机的转账回执单、刷卡消费的小票等消费凭证，这些凭证上可能包含相关转账信息。
四、法律支持与注意事项
寻求专业法律帮助：
- 在整个调查过程中，建议您咨询专业律师或法律顾问的意见，以确保您的行动合法合规，并有效维护您的权益。
合法合规原则：
- 强调在整个调查过程中必须严格遵守法律法规，不得采用非法手段获取证据。否则，即使获取了证据，也可能因违法而被法院排除使用。
保护隐私与权益：
- 在处理此类敏感问题时，应同时考虑保护自己和家庭的隐私及合法权益，避免不必要的冲突和损失。
综上所述，即使您不知道配偶具体使用了哪张银行卡进行转账，您仍然可以通过申请法院调查令来调查配偶名下所有银行账户的交易记录。同时，结合其他调查途径和法律支持，您可以更有效地维护自己的权益。希望这些建议能对您有所帮助。