宅基地转让协议是否有效需分情况讨论，核心结论如下：

1. 若转让对象为“本集体经济组织成员”且符合法定条件，协议有效
   根据《土地管理法》及相关规定，宅基地使用权可依法在本集体经济组织成员之间流转。需同时满足以下条件：

   • 转让方与受让方均为同一村集体经济组织成员（如父子同属一个村集体）；
     
   • 转让方拥有合法宅基地使用权（有宅基地证或审批文件）；
     
   • 受让方符合“一户一宅”原则（名下无其他宅基地）；
     
   • 协议经村集体书面同意（部分地区要求）。
     若符合上述条件，即使父子关系，协议仍有效。
     

2. 若转让对象为“非本集体经济组织成员”，协议无效
   宅基地使用权具有身份属性，仅限本集体成员享有。若儿子户籍已迁出（如转为城镇户口），或虽未迁出但实际不属于该集体经济组织（如挂靠户籍），则：

   • 协议因违反法律强制性规定（如《民法典》第153条“违反法律、行政法规的强制性规定的民事法律行为无效”）而无效；
     
   • 转让方有权要求返还宅基地，受让方需返还土地及地上建筑物（若已建造）。
     

3. 若协议存在其他违法情形，可能部分无效或全部无效

   • 未履行审批手续：宅基地转让需经乡（镇）人民政府审核批准，未经批准的协议可能被认定为未生效；
     
   • 恶意串通损害集体利益：如低价转让以规避税费，可能被撤销；
     
   • 违反“一户一宅”原则：若受让方已有宅基地，协议可能因违反政策而无效。
     

建议：

• 签订协议前，务必核实双方户籍是否属于同一村集体，并确认受让方是否符合“一户一宅”；
  
• 协议应明确转让范围（如宅基地使用权及地上房屋所有权）、价款支付方式、违约责任等条款；
  
• 办理宅基地使用权变更登记（部分地区要求），以保障权益。
  

若有具体协议条款或户籍情况需进一步分析，可直接向我咨询。