检察院在起诉时对排除非法证据有明确的规定，这些规定旨在确保案件的公正处理，保护当事人的合法权益。以下是对这些规定的详细解读：

一、非法证据的界定

根据《人民检察院刑事诉讼规则》及相关司法解释，非法证据主要包括以下几种情形：

1. 犯罪嫌疑人供述：采用刑讯逼供等非法方法收集的犯罪嫌疑人供述，应当予以排除。这包括但不限于使用暴力、威胁、非法限制人身自由等手段获取的供述。
2. 重复性供述：对于重复性供述，如果存在非法取证情形，且无法证明供述的自愿性，也应当予以排除。但存在例外情形，如侦查阶段取证主体变更、侦查阶段取证程序合法且能证明供述自愿性等。
3. 证人证言、被害人陈述：采用暴力、威胁以及非法限制人身自由等非法方法收集的证人证言、被害人陈述，应当予以排除。
4. 物证、书证：收集物证、书证不符合法定程序，可能严重影响司法公正，且公安机关不能补正或者无法作出合理解释的，应当予以排除。

二、排除非法证据的阶段

公检法三机关在各自办案阶段都负有排除非法证据的义务。具体到检察院，在审查逮捕、审查起诉期间，对犯罪嫌疑人提出的非法取证线索或者材料应当予以调查核实。如果经审查无法确定存在非法取证的行为，在作出批准或者不批准逮捕的决定后，应当继续对可能存在的非法取证行为进行调查核实。经调查核实确认存在非法取证情形的，应当予以排除，不得作为提起公诉的依据。

三、重大案件侦查终结前讯问合法性核查制度

对于重大案件，人民检察院驻看守所检察人员应当在侦查终结前进行讯问合法性核查。这一制度有助于解决刑讯逼供发现滞后、调查核实困难等问题。核查情况应及时通知本院负责捕诉的部门，如果认为确有刑讯逼供等非法取证情形的，应当要求公安机关依法排除非法证据，不得作为提请批准逮捕、移送起诉的依据。

四、对非法取证的调查核实

检察院在接到报案、控告、举报或者发现侦查人员以非法方法收集证据的，应当进行调查核实。调查核实方式包括调取讯问录音录像等，以确保对非法取证行为的准确认定和处理。

五、存疑非法证据的处理

在审查逮捕、审查起诉阶段，对于存疑非法证据（即不能排除以非法方法收集证据情形的证据），也应当从严把握，不得将其作为批准逮捕、提起公诉的依据。这一规定有助于提升司法效率和司法公信力，确保案件的公正处理。

六、对监察机关移送起诉案件证据的审查

对于监察机关移送起诉的案件，检察院也应当对证据的合法性进行审查。如果认为可能存在以刑讯逼供等非法方法收集证据情形的，可以书面要求监察机关对证据收集的合法性作出说明，或者商请调取有关录音、录像等证据材料。

在实际操作中，如果遇到非法证据的问题，建议及时向检察院提出，并配合检察院的调查核实工作。同时，也可以咨询专业律师，以获取更具体的法律建议和帮助。作为专业律师，我专注于刑事辩护、行政纠纷领域，如果你有相关法律问题，可以直接向我咨询。