司法鉴定机构以案情复杂为由不予鉴定，并不一定合法，需结合具体情况判断。以下从不同角度进行分析：

1. 司法鉴定机构的职责与限制

根据《司法鉴定程序通则》等相关规定，司法鉴定机构应当依法接受委托，对诉讼活动中涉及的专门性问题进行鉴定。案情复杂本身并非拒绝鉴定的法定理由。司法鉴定机构的主要职责是依据科学方法和专业知识，对委托事项进行客观、公正的鉴定，而非基于案情复杂程度决定是否接受委托。

若司法鉴定机构以案情复杂为由拒绝鉴定，可能涉及以下几种情况：

• 超出鉴定能力范围：如果案情复杂到超出了鉴定机构的技术能力或设备条件，导致无法准确完成鉴定，那么拒绝鉴定可能是合理的。但此时，鉴定机构应当明确说明无法鉴定的具体原因，而非简单地以“案情复杂”为由拒绝。
• 违反鉴定程序或规范：如果鉴定机构在鉴定过程中发现委托事项违反法律、法规或鉴定程序，或者存在其他可能导致鉴定结果不公正的情形，那么拒绝鉴定可能是合法的。但同样，鉴定机构需要给出具体的理由和依据。
• 无正当理由拒绝：如果鉴定机构无法提供上述合理理由，而仅以“案情复杂”为由拒绝鉴定，那么这种行为可能构成无正当理由拒绝鉴定，是不合法的。

2. 当事人的权利与救济途径

如果当事人认为司法鉴定机构无正当理由拒绝鉴定，可以采取以下措施：

• 与鉴定机构沟通：首先，当事人可以尝试与鉴定机构沟通，了解其拒绝鉴定的具体原因，并寻求解决方案。
• 向相关部门投诉：如果沟通无果，当事人可以向司法行政部门或相关行业协会投诉，要求对鉴定机构的行为进行调查和处理。
• 寻求法律救济：在必要时，当事人还可以通过法律途径，如提起行政诉讼或民事诉讼，来维护自己的合法权益。

3. 法律建议与风险提示

• 在选择鉴定机构时，当事人应当选择具有合法资质和良好信誉的鉴定机构，以确保鉴定的公正性和准确性。
• 在委托鉴定时，当事人应当明确鉴定事项和目的，提供充分的鉴定材料，并按照鉴定机构的要求配合鉴定工作。
• 如果遇到鉴定机构拒绝鉴定的情况，当事人应当保持冷静，及时了解拒绝鉴定的具体原因，并根据情况采取相应的措施。

总结来看，司法鉴定机构以案情复杂为由不予鉴定，并不一定合法。当事人应当根据具体情况判断鉴定机构的行为是否合理，并在必要时寻求法律救济。如果您在司法鉴定过程中遇到任何问题，可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供专业的法律建议。