夫妻经营公司一方出轨，应首先处理婚姻问题，再根据公司实际情况和法律规定处理公司股份及财产。以下是对此问题的详细分析：
一. 处理婚姻问题
沟通协商：
- 双方应冷静下来，坦诚地交流，了解出轨一方的原因和想法，同时表达自己的感受和期望。
- 若双方都有意愿维持婚姻，可共同探讨如何修复关系，如制定规则、增加互动等，努力重建信任。
寻求专业帮助：
- 可找婚姻家庭咨询师或心理医生，他们能提供专业的指导和建议，帮助夫妻双方更好地理解彼此，解决存在的问题，化解矛盾冲突。
考虑法律途径：
- 若出轨行为导致感情破裂，无法继续共同生活，无过错方有权提起离婚诉讼。
- 根据《中华人民共和国民法典》第一千零七十九条，夫妻一方要求离婚的，可以由有关组织进行调解或者直接向人民法院提起离婚诉讼。
- 若出轨行为构成重婚或与他人同居等情形，无过错方在离婚时可依法要求损害赔偿，包括精神损害赔偿和物质损害赔偿。
二. 处理公司股份及财产
公司股份处理：
- 若该公司是仅有夫妻二人持股的有限公司，双方可以协商股份的分割方式。
- 若双方都愿意继续持有股份，则可以选择均分股份。
- 若一方不愿意继续持股，可以将该方的股份作价一半作为补偿给予愿意继续持股的一方。
- 若双方都不愿意继续经营公司，可以对公司进行资产清算，并按照一定比例分割清算后的资产。
- 若公司是夫妻一方与第三人共同持股的有限公司，股权可以直接进行转让，由出轨方将其所持有的股份转让给另一方或第三方。若股权在夫妻之间不发生转移，持股的配偶一方可以将本属于另一方的股份进行折价，然后以货币的形式对另一方进行补偿。
- 在处理股份的过程中，应遵守《中华人民共和国公司法》的相关规定，特别是关于股权转让的程序和要求。
共同财产处理：
- 夫妻共同财产应平等分割，但法院在判决时可能会考虑无过错方的贡献和照顾子女、女方权益等因素，对无过错方进行一定的补偿。
- 若有证据证明是出轨方个人不合理开支所产生的债务，不属于夫妻共同债务，另一方无需承担偿还责任。
三. 关注子女问题
- 无论婚姻走向如何，都应尽量减少对子女的伤害，给予他们足够的关爱和正确引导。
- 在处理子女抚养权问题时，法院会根据有利于子女成长的原则进行判决。
我的建议：面对此类复杂情况，建议夫妻双方先尝试通过沟通协商或寻求专业帮助来修复关系。若决定离婚，应咨询专业律师以了解具体的法律程序和权益保障。同时，在处理公司股份及财产时，应确保遵守相关法律法规，并充分考虑子女的利益。如有进一步需要，您可以继续咨询我。