将旧厂房改做农产品配送基地是否违法，不能一概而论，需要结合厂房的土地性质、规划用途以及改造行为是否符合相关法律法规来进行综合判断。以下是从不同角度进行的分析：
一、土地性质与规划用途
土地性质：
- 如果旧厂房所占用的土地是工业用地，且该土地的使用权是通过合法途径取得的，那么理论上，土地的使用者有权在符合规划的前提下对土地进行利用。但需要注意的是，工业用地通常有特定的使用限制，比如不得擅自改变土地用途用于非工业用途。
规划用途：
- 厂房的改造必须符合当地的城乡规划和土地利用规划。如果规划中明确该区域为工业区，且未允许进行农产品配送等商业活动，那么擅自改变用途可能构成违法。
- 反之，如果规划允许或可以通过合法程序调整规划以适应新的用途，那么改造行为可能是合法的。
二、改造行为的合法性
审批手续：
- 无论土地性质如何，进行厂房改造前，通常需要向相关部门申请并获得必要的审批手续，如规划许可、建设许可等。未经审批擅自进行改造，可能面临行政处罚。
环保与安全要求：
- 农产品配送基地可能涉及食品储存、加工等环节，因此必须满足相关的环保和安全要求。如果改造后的厂房不符合这些要求，也可能构成违法。
三、可能的法律后果
行政处罚：
- 如果改造行为违反了土地管理、城乡规划或环保等相关法律法规，相关部门有权对违法行为进行处罚，包括罚款、责令恢复原状等。
合同无效或解除：
- 如果改造行为涉及与第三方（如房东、合作伙伴等）的合同关系，且该行为违反了合同约定或法律法规，可能导致合同无效或被解除，并承担相应的违约责任。
四、建议与合法途径
咨询相关部门：
- 在进行厂房改造前，建议先咨询当地的自然资源和规划部门、住房和城乡建设部门以及环保部门等，了解相关的法律法规和政策要求。
申请审批手续：
- 按照相关部门的要求，准备并提交必要的申请材料，申请规划许可、建设许可等审批手续。
确保合规运营：
- 在改造和运营过程中，严格遵守相关的环保、安全等要求，确保农产品配送基地的合法合规运营。
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