政府工作人员被停职后，处理方式需依据具体停职原因、单位规定及相关法律法规进行，一般包括调查核实、纪律处分、复职或解除职务等环节。具体分析如下：

1. 调查核实阶段
   停职通常是初步处理措施，旨在为后续调查提供时间。单位会成立专项调查组，通过谈话、查阅资料、取证等方式核实停职原因（如涉嫌违纪、失职渎职、工作失误等）。此阶段需严格遵循《公务员法》《监察法》等程序规定，确保调查合法合规。

2. 根据调查结果分类处理

   • 若查实存在违纪或违法行为：
     根据情节轻重，可能给予警告、记过、记大过、降级、撤职、开除等处分（《公务员法》第六十二条）。例如，若涉及贪污受贿，可能移送司法机关追究刑事责任；若为一般工作失误，可能给予行政处分并调整岗位。
     
   • 若查无实据或情节轻微：
     单位应恢复其职务，并补发停职期间的工资及福利（《公务员法》第八十九条）。若停职造成名誉损害，当事人可要求单位公开澄清。
     
   • 若存在管理过失但未达处分标准：
     单位可能通过批评教育、调整分工等方式处理，同时完善内部管理制度。

3. 程序合法性要求
   处理过程需严格遵守法定程序：

   • 停职决定应书面通知当事人，并说明理由；
     
   • 调查期间应保障当事人陈述、申辩权；
     
   • 处分决定需经单位集体讨论，并按权限报批；
     
   • 当事人对处分不服的，可申请复核、申诉或提请仲裁（《公务员法》第九十五条）。

4. 特殊情形处理

   • 涉及刑事案件：若被采取刑事强制措施（如拘留、逮捕），单位应中止其职务，待司法程序终结后处理；
     
   • 退休或离职人员：若停职时已退休或离职，单位需按退休政策或劳动合同约定处理，一般不再追究行政责任；
     
   • 合同制员工：若为政府购买服务或劳务派遣人员，处理依据为《劳动合同法》，可能涉及解除合同或经济补偿。

建议：若您或您所在单位涉及停职处理，需第一时间固定证据（如停职通知、调查材料），并核对处理程序是否合法。如有疑问，可直接向我咨询具体法律适用问题。