怀孕并不影响签署分居协议的法律效力，但需注意协议内容是否合法合理，以及是否符合孕妇的权益保护要求。具体分析如下：

1. 法律层面：怀孕状态不影响协议效力
   根据《民法典》相关规定，民事法律行为的有效要件包括：行为人具有相应民事行为能力、意思表示真实、不违反法律或公序良俗。怀孕本身不属于法律禁止签署协议的情形，只要双方自愿、协议内容合法（如不涉及剥夺基本生存权、人身自由等），分居协议即有效。

2. 实务层面：需关注孕妇权益保护

   • 经济支持条款：若协议中涉及孕妇的生活费、医疗费等经济支持，需确保金额合理且符合当地生活水平，避免因条款显失公平被撤销。
     
   • 子女抚养预安排：若分居期间已怀孕，协议可对胎儿出生后的抚养权、抚养费进行预约定，但需以“最有利于未成年子女”为原则，否则可能被法院调整。
     
   • 健康保障条款：可约定分居期间孕妇的产检、生产费用承担方式，以及分居后居住环境是否适合孕妇休养等。

3. 特殊情形：若协议存在欺诈、胁迫或显失公平
   即使签署时怀孕，若一方以孕妇身体虚弱为由胁迫签署不公平条款（如放弃财产、过度承担债务），受害方可在1年内申请撤销协议。

建议：签署前可委托律师审核协议条款，重点核查经济支持、子女抚养预安排是否合法合理，避免因条款瑕疵导致协议无效或部分无效。若有具体协议内容需审核，可直接向我提供细节进一步分析。