针对您提出的“明明从犯法院认定为主犯怎么处理”这一问题，我们可以从法律的角度进行详细分析。

首先，需要明确的是，在共同犯罪中，主犯和从犯的认定是基于各自在犯罪中所起的作用。主犯通常是指在共同犯罪中起主要作用的人，如组织、领导犯罪集团或在其他共犯中起主要作用；而从犯则是在共同犯罪中起次要或辅助作用的人。

一、法院认定主犯的依据

法院在认定主犯时，会依据犯罪事实、证据以及相关法律规定进行综合判断。如果一个人在共同犯罪中起到了组织、策划、指挥或主要实施的作用，那么法院很可能会将其认定为主犯。

二、从犯被认定为主犯的可能原因

1. 证据变化：在案件审理过程中，可能出现了新的证据，这些证据表明原本被认为是从犯的人实际上在犯罪中起到了主要作用。

2. 法律理解差异：不同人对法律条文的理解可能存在差异，导致在认定主犯和从犯时产生分歧。但法院会依据法律条文和司法解释进行最终判断。

3. 犯罪情节变化：随着案件的深入调查，可能发现原本被认为是从犯的人实际上参与了更多或更严重的犯罪行为。

三、从犯被认定为主犯后的处理

1. 量刑调整：一旦从犯被法院认定为主犯，其量刑将会相应调整。主犯通常需要承担更重的刑事责任，因为其在犯罪中起到了主要作用。

2. 上诉权利：如果被告人对法院的认定有异议，可以在法定期限内提出上诉。上级法院会对案件进行重新审理，并根据事实和法律作出判决。

3. 法律援助：在上诉过程中，被告人有权获得法律援助，包括聘请律师或申请法律援助机构的帮助，以维护自己的合法权益。

四、建议

1. 尊重法院判决：法院是依据法律和事实进行判决的，其判决具有法律效力。如果对判决有异议，应通过合法途径提出上诉或申诉。

2. 积极配合调查：在案件审理过程中，应积极配合法院和调查机关的调查工作，提供真实、准确的证据和信息。

3. 寻求专业法律帮助：如果对法律问题不了解或存在疑问，可以寻求专业律师的帮助，以更好地维护自己的合法权益。

综上所述，如果明明是从犯但法院认定为主犯，被告人应尊重法院判决，并在法定期限内提出上诉（如有异议）。同时，积极配合调查工作并寻求专业法律帮助以维护自己的合法权益。