结论：相关部门查处注水行为的程序是否合法，需结合具体执法流程、证据收集及法律适用综合判断。从新闻背景看，若查处程序符合《行政处罚法》《农业法》等规定，则程序合法；反之则可能存在瑕疵。

一、新闻背景中的法律问题梳理

根据新闻，广西钦州牛贩子庞先生购买的水牛被注水200斤，导致体重骤减；广东东莞也曾通报类似“活牛注水”事件，商贩通过强行灌水增加活牛重量牟利。此类行为涉及产品质量侵权（注水导致商品实际价值与标称不符）和动物保护问题（注水过程对牛造成严重伤害），同时可能触犯《刑法》中的生产、销售伪劣产品罪或虐待动物相关条款（若地方性法规有规定）。

二、查处注水行为的合法程序分析

相关部门查处注水行为，通常需遵循以下程序，若符合则程序合法：

1. 立案与调查

• 法律依据：《行政处罚法》第54条，行政机关发现违法行为后，应立案调查，收集证据。
• 新闻对应：东莞事件中，相关部门第一时间对“活牛灌水窝点”进行查处，符合立案调查要求。
• 关键点：需有初步证据证明注水行为存在（如目击者证言、现场照片、视频等）。

2. 现场检查与取证

• 法律依据：《农业法》第68条，农业行政主管部门有权对农产品质量安全进行监督检查。
• 新闻对应：执法人员可能对注水现场进行勘查，固定注水工具、牛只状态等证据。
• 关键点：检查需出示执法证件，取证过程应合法（如录音录像、笔录等）。

3. 证据固定与鉴定

• 法律依据：《行政处罚法》第55条，证据需经查证属实，方可作为认定事实的依据。
• 新闻对应：可能对牛只进行称重、解剖（若需）以确认注水量及对牛只的伤害程度。
• 关键点：证据需形成完整链条，排除合理怀疑。

4. 行政处罚或移送司法

• 法律依据：
  • 《农产品质量安全法》第50条，对生产、销售不符合农产品质量安全标准的农产品，可处罚款、没收违法所得等。
  • 《刑法》第140条，生产、销售伪劣产品，金额达5万元以上的，可追究刑事责任。
• 新闻对应：东莞事件中，李某等5人被公安机关控制，并暂停了相关企业的活牛屠宰业务。
• 关键点：行政处罚需制作《行政处罚决定书》，告知当事人权利；涉嫌犯罪的，应及时移送公安机关。

5. 当事人权利保障

• 法律依据：《行政处罚法》第44条，当事人有权陈述、申辩；第63条，对重大处罚可要求听证。
• 新闻对应：未明确提及当事人权利行使情况，但合法程序应包含此环节。
• 关键点：不得因当事人申辩而加重处罚。

三、程序不合法的可能情形

若查处程序存在以下问题，则可能不合法：

1. 未立案直接查处：违反《行政处罚法》第54条，缺乏初步证据即实施查处。
2. 取证不合法：如未出示执法证件、强制搜查等侵犯当事人权益的行为。
3. 证据不足即处罚：未形成完整证据链，仅凭推测或单方面陈述定案。
4. 未告知当事人权利：如未告知陈述、申辩权或听证权。
5. 越权处罚：如非农业行政主管部门实施农业领域处罚。

四、对公众的启示

1. 消费者：购买活畜或肉类时，应选择正规渠道，注意检查商品状态（如牛只是否异常排水）。
2. 商贩：注水行为不仅违法，还可能构成犯罪，切勿因小失大。
3. 执法部门：应严格遵循法定程序，确保查处行为合法、公正，同时加强普法宣传，提高商贩法律意识。

五、类似情况的预防措施

1. 加强监管：农业、市场监管等部门应联合执法，定期检查活畜交易市场。
2. 完善立法：推动地方性法规对虐待动物行为进行规制，填补法律空白。
3. 公众监督：鼓励举报注水等违法行为，对举报人给予奖励。

如有进一步法律问题，可直接向我咨询。