公司使用多个未备案的公章，并不必然构成犯罪，但可能涉及行政处罚或刑事犯罪，具体需结合行为的主观意图、客观行为及后果等因素综合判断。目前，最高法院有相关判例表明，未经授权私自刻制并使用公司印章可能构成伪造公司印章罪。以下从不同角度进行详细分析：

一、行政处罚角度

根据《中华人民共和国治安管理处罚法》的相关规定，买卖或者使用伪造、变造的国家机关、人民团体、企业、事业单位或者其他组织的公文、证件、证明文件的，会面临行政处罚，包括但不限于十日以上十五日以下拘留，并可以并处一千元以下罚款；情节较轻的，处五日以上十日以下拘留，可以并处五百元以下罚款。虽然该条款直接针对的是伪造、变造或使用伪造、变造的公文、证件、证明文件，但未备案的公章若被视为一种非法或不合规的印章使用行为，也可能受到相应的行政处罚，具体取决于地方执法实践和具体案情。

二、刑事犯罪角度

1. 伪造公司印章罪：

   • 根据《中华人民共和国刑法》第二百八十条第二款的规定，伪造公司、企业、事业单位、人民团体的印章的，处三年以下有期徒刑、拘役、管制或者剥夺政治权利，并处罚金。若公司使用的未备案公章是私自刻制且未经公司授权，该行为可能构成伪造公司印章罪。
   • 判例支持：在(2019)粤13刑申25号案例中，法院认为申诉人明知自己没有制作公司印章的权限，也没有经过公司明确授权许可，却私自刻制公司印章并将其使用于涉案文件中，实施了伪造公司印章的行为，侵犯了公司的正常经营秩序等利益，因此构成伪造公司印章罪。

2. 其他相关犯罪：

   • 如果使用未备案公章的行为与诈骗、非法经营等其他犯罪行为相结合，还可能触犯刑法中的其他相关条款，如诈骗罪、非法经营罪等。这取决于具体案情和行为的性质、后果等因素。

三、法律建议

1. 合规管理：公司应建立健全的印章管理制度，确保所有印章均经过合法备案并妥善保管。避免使用未备案的公章，以减少法律风险。
2. 及时咨询：如果公司发现使用了未备案的公章或面临相关法律问题，应及时咨询专业律师，了解具体的法律责任和应对措施。
3. 主动整改：对于已经存在的未备案公章问题，公司应主动进行整改，如销毁未备案公章、重新刻制并备案合法公章等，以彰显合规意愿并降低法律风险。

举例说明：假设某公司因管理疏忽，导致部分公章未进行备案。后该公司在一次合同签订中使用了未备案的公章。若该合同未引发纠纷或损失，且公司及时发现问题并主动整改（如销毁未备案公章、重新刻制并备案合法公章），则可能仅面临行政处罚的风险。然而，若该合同引发了纠纷或损失，且公司被证实存在故意使用未备案公章以逃避法律责任的行为，则可能构成伪造公司印章罪或其他相关犯罪。

总结：公司使用多个未备案的公章并不必然构成犯罪，但可能涉及行政处罚或刑事犯罪。具体需结合行为的主观意图、客观行为及后果等因素综合判断。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。