可以起诉军转安置办主任签订的协议无效，但需满足一定条件。以下从不同角度为您详细分析：
一、协议无效的法定情形
根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，合同（协议）无效的情形主要包括以下几种：
无民事行为能力人实施的民事法律行为：如果军转安置办主任在签订协议时，属于无民事行为能力人（如因精神疾病等原因无法辨认自己行为），则该协议无效。
行为人与相对人以虚假的意思表示实施的民事法律行为：如果双方签订协议时，均无真实的意思表示，而是出于某种虚假目的（如为了应付检查、掩盖非法行为等），则该协议无效。
违反法律、行政法规的强制性规定的民事法律行为：如果协议内容违反了法律、行政法规的强制性规定（如涉及非法交易、损害国家利益或社会公共利益等），则该协议无效。但需注意，该强制性规定不导致该民事法律行为无效的除外。
违背公序良俗的民事法律行为：如果协议内容违背了公序良俗（如涉及不道德、不文明的交易等），则该协议无效。
行为人与相对人恶意串通，损害他人合法权益的民事法律行为：如果军转安置办主任与相对人恶意串通，损害了您的合法权益，则该协议无效。
二、起诉协议无效的流程与注意事项
收集证据：在起诉前，您需要收集充分的证据来证明协议存在无效的情形。这可能包括协议文本、双方沟通记录、相关法律法规等。
确定被告：您需要明确被告是军转安置办主任个人还是其所在的军转安置办。如果协议是军转安置办主任以个人名义签订，且未涉及单位利益，则被告可能是其个人；如果协议涉及单位利益或单位行为，则被告可能是军转安置办。
撰写起诉状：您需要撰写一份起诉状，明确诉讼请求、事实与理由等。在起诉状中，您需要详细阐述协议无效的理由，并附上相关证据。
提交法院：将起诉状及相关证据提交给有管辖权的人民法院。法院将审查您的起诉材料，并决定是否受理。
参与诉讼：如果法院受理了您的起诉，您需要积极参与诉讼过程，包括出庭、举证、质证等。在诉讼过程中，您需要充分阐述自己的观点，并反驳对方的观点。
三、可能的法律后果
协议被确认无效：如果法院认定协议无效，则该协议自始没有法律约束力。双方需要恢复原状或采取其他补救措施。
赔偿损失：如果因协议无效给您造成了损失，您可以要求对方赔偿损失。赔偿范围包括直接损失和间接损失等。
行政责任或刑事责任：如果协议无效涉及违法行为（如贪污受贿、滥用职权等），则相关责任人可能需要承担行政责任或刑事责任。
建议：在起诉前，您最好先咨询专业律师（即我本人，吴勇波律师，专注于刑事辩护、合同纠纷领域），对协议无效的情形进行充分评估，并制定合适的诉讼策略。如果您有具体的法律问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。