当您遇到信用卡逾期后自动划扣的钱超过了本金的情况，您可以按照以下步骤来处理：
一、了解自动划扣的原因及规则
首先，您需要明确银行自动划扣的依据。多数银行在信用卡合同中会明确规定，若持卡人逾期未还款，银行有权从持卡人在本行开立的其他账户（如储蓄卡）中自动划扣相应款项用于偿还信用卡欠款。这是银行为了降低风险、保障资金回笼而采取的一种常见措施。同时，根据《商业银行信用卡业务监督管理办法》等相关法规，银行有权在合法合规的前提下，通过合理方式追讨逾期欠款，但划扣行为必须遵循合同约定和法律规定。
二、与银行协商解决
主动联系银行：
- 您应第一时间拨打银行客服电话，诚恳地向客服人员说明自己目前的经济困难状况，例如突发重大疾病、失业等导致暂时无法按时还款，并非恶意拖欠。
- 提出您的合理要求，如希望银行能减免部分超过本金的划扣金额，或者调整还款方案等。
提供证明材料：
- 如果可能的话，提供一些能证明您经济困难的材料，如医疗证明、失业证明等，以增加银行对您情况的了解和理解。
等待银行审核与处理：
- 银行在收到您的申请后，会进行审核，并根据您的实际情况和信用记录等，决定是否调整违约金或划扣金额。
三、若协商不成，寻求其他途径
向金融监管部门投诉：
- 如果银行拒绝了您的合理要求，或者您认为银行的划扣行为存在不合理之处，您可以向相关金融监管部门投诉。
- 投诉时，应详细说明情况，并提供相关证据材料，以便监管部门能够全面了解问题并介入调查。
寻求法律援助：
- 如果问题较为复杂，或者您认为自己的权益受到了严重侵害，您可以考虑寻求法律援助。
- 咨询专业律师，了解自己的法律权益和可能的维权途径。
四、后续注意事项
关注账户变动：
- 密切关注自己的银行账户和信用卡账户的资金变动情况，确保还款及时到账，避免出现还款失败或重复划扣等问题。
制定还款计划并履行：
- 对自己的财务状况进行全面梳理，制定合理的还款计划，并严格按照计划执行。
- 可以通过设置提醒、自动转账等方式，避免因忘记还款而导致再次逾期。
保持良好信用记录：
- 在还清欠款后，要继续保持良好的信用习惯，按时还款，避免再次出现逾期情况。
- 良好的信用记录对于个人的金融生活至关重要，有助于获得更高的信用额度、更低的贷款利率等优惠条件。
总之，当您遇到信用卡逾期后自动划扣的钱超过了本金的情况时，应积极与银行沟通协商，以维护自身合法权益。如果协商不成，可以寻求其他途径来解决问题。同时，也要关注自己的账户变动和信用记录，确保金融生活的稳定和健康。