若公司股份已依法办理抵押登记，且借款人无法偿还民间借贷债务，股份变更需按以下程序进行：

1. 协商处置优先
   债权人与债务人可协商通过股权转让方式实现抵押权。双方需签订书面《股权转让协议》，明确转让价格、支付方式及违约责任，并确保协议内容不违反《公司法》及公司章程关于股权转让的限制性规定（如优先购买权）。

2. 司法拍卖程序
   若协商未果，债权人可向法院申请强制执行，通过司法拍卖程序处置抵押股份。法院将委托专业机构评估股权价值，并通过公开拍卖平台变卖。竞买人成交后，法院出具《执行裁定书》及《协助执行通知书》，协助办理工商变更登记。

3. 以物抵债协议
   双方可协商以抵押股份直接抵偿债务，但需注意：

   • 需经其他股东过半数同意（若公司章程有特别规定，从其规定）；
     
   • 签订《以物抵债协议》并办理工商变更登记；
     
   • 抵债价格需公允，避免被认定为“流质条款”而无效。

4. 工商变更登记要点
   无论通过何种方式处置股份，最终均需完成工商变更登记，流程包括：

   • 提交《公司登记（备案）申请书》；
     
   • 新股东身份证明及股权转让协议/法院裁定书；
     
   • 修改公司章程（如涉及股东名册变更）；
     
   • 缴纳相关税费（如印花税、个人所得税）。

风险提示：

• 若抵押股份为有限责任公司股权，未经其他股东同意的转让可能无效；
  
• 股份价值显著低于债务时，债权人可能需承担部分损失；
  
• 处置过程中需确保程序合法，避免被认定为“恶意串通”损害其他股东利益。

建议：

1. 优先通过协商解决，降低时间与经济成本；
   
2. 涉及司法程序时，及时委托律师参与评估、拍卖环节；
   
3. 变更登记前核实公司章程是否有特殊约定（如股权锁定期）。
   

如有具体案例细节（如股份类型、公司性质、抵押合同条款等），可进一步提供信息以便针对性分析。