关于公司注销时一开始未同意赔偿，后来又同意了是否还有效的问题，结论是：这主要取决于双方是否就赔偿事宜达成了新的合意，并且该合意是否符合法律规定。以下从不同角度为您详细分析：

1. 合同变更与合意原则

• 在公司注销过程中，若最初双方就赔偿事宜未能达成一致，但后续一方或双方改变了立场并同意了赔偿方案，这实际上构成了一个新的合意或合同变更。
• 根据合同法的原则，只要双方就变更后的内容达成一致，且该内容不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗，那么这种变更是有效的。
• 因此，如果后来双方确实就赔偿事宜达成了新的合意，并且该合意符合法律规定，那么赔偿是有效的。

2. 书面形式的重要性

• 虽然口头协议在某些情况下也具有法律效力，但在涉及公司注销和赔偿等复杂法律事务时，书面形式更为稳妥。
• 书面协议可以明确双方的权利和义务，避免后续因理解不一致而产生的纠纷。
• 如果后来同意的赔偿方案是以书面形式确认的，那么其法律效力将更为明确。

3. 公司注销的法律程序

• 公司注销是一个复杂的法律程序，涉及债权债务的清算、资产的处置等多个环节。
• 在注销过程中，如果双方就赔偿事宜达成一致，应当确保该协议不会干扰或违反公司注销的法律程序。
• 如果赔偿协议与公司注销的法律程序相冲突，或者违反了相关法律法规，那么该协议可能无效。

4. 实际操作中的建议

• 如果您或对方后来同意了赔偿方案，建议尽快以书面形式确认该协议，并明确双方的权利和义务。
• 在签订书面协议前，可以咨询专业律师，确保协议内容合法、有效，并且不会干扰公司注销的法律程序。
• 如果双方已经就赔偿事宜达成了新的合意，并且该合意符合法律规定，那么应当按照该合意履行义务，以避免后续的法律纠纷。

5. 可能的法律后果

• 如果后来同意的赔偿方案有效，并且双方按照该方案履行了义务，那么将不会产生额外的法律纠纷。
• 如果后来同意的赔偿方案无效（例如因为违反了法律规定或公司注销的法律程序），那么双方可能需要重新协商赔偿事宜，或者通过法律途径解决纠纷。

总结来说，公司注销时一开始未同意赔偿，后来又同意了是否还有效，主要取决于双方是否就赔偿事宜达成了新的合意，并且该合意是否符合法律规定。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。