针对您提出的“员工提交离职申请没满离职扣钱是否合法”的问题，我们可以从以下几个方面进行详细分析：

首先，根据《劳动合同法》的相关规定，劳动者提前三十日以书面形式通知用人单位，即可解除劳动合同，这是劳动者的法定权利，无需经用人单位认可或同意。若劳动者未提前三十日通知而擅自离职，这确实违反了法律规定，但并不意味着用人单位可以直接扣除劳动者的工资。

工资是劳动者提供劳动的对价，是维持其基本生活所必需的，因此不能随意扣除。除非劳动者因未依法提前通知解除劳动合同、未依法办理工作交接等行为给用人单位造成了实际的经济损失，用人单位才可以就这部分损失要求劳动者进行赔偿。

进一步来说，如果用人单位想要扣除劳动者的工资作为赔偿，必须满足两个条件：一是能够举证证明劳动者的行为确实给其造成了经济损失；二是扣除的金额必须合理，且不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则应按最低工资标准支付。

此外，虽然有些用人单位可能会通过规章制度或劳动合同来约定未提前通知离职的赔偿方式，但这种方式在《劳动合同法》的框架下是存在争议的。因为《劳动合同法》明确规定，除特定情形外，用人单位不得与劳动者约定由劳动者承担违约金。因此，用人单位在制定规章制度或签订劳动合同时，应谨慎采用这种方式，以免引发法律纠纷。

综上所述，员工提交离职申请没满离职，用人单位直接扣钱是不合法的。除非能够证明劳动者的行为给用人单位造成了实际经济损失，并且扣除的金额符合法律规定，否则用人单位无权扣除劳动者的工资。