结论：在店门牌上写与某公司合作单位是否会被罚款，不能一概而论，需分情况讨论。

1. 若合作真实存在且不违反规定：

   • 如果店铺确实与某公司存在合作关系，且这种合作关系的展示不违反相关法律法规、行业规定以及合作协议中的约定，那么在店门牌上标注“与某公司合作单位”通常是不会被罚款的。这种情况下，标注合作信息可以被视为一种正常的商业宣传手段。

2. 若合作不存在或违反规定：

   • 合作不存在：如果店铺并未与某公司建立合作关系，却擅自在其门牌上标注“与某公司合作单位”，这种行为可能构成虚假宣传或欺诈行为。根据《中华人民共和国反不正当竞争法》等相关法律法规，虚假宣传是违法的，市场监管部门有权对此类行为进行查处，并可能处以罚款。
   • 违反规定：即使合作真实存在，但如果合作协议中明确禁止或限制了合作方以某种方式展示合作关系，或者相关法律法规、行业规定对合作关系的展示有特定要求（如需获得授权、需符合特定格式等），而店铺未遵守这些规定，那么也可能面临被罚款的风险。

建议：

• 在决定是否在店门牌上标注“与某公司合作单位”之前，店铺应仔细审查其与合作公司的合作协议，确保标注行为不违反协议中的任何条款。
• 同时，店铺也应了解并遵守相关法律法规和行业规定，确保标注行为的合法性。
• 如果对标注行为的合法性存在疑问，建议咨询专业法律人士以获取准确指导。

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