结论：员工是否可以选择不参加企业年度体检，需根据具体情况判断，不能一概而论。以下从不同角度进行分析：

一、规章制度层面

若企业将年度体检纳入规章制度，并明确规定为员工的义务，那么员工原则上应当遵守。规章制度是企业内部的管理规范，员工在入职时通常已同意遵守。然而，规章制度本身不得违反法律法规的强制性规定。如果规章制度中的体检要求过于苛刻或侵犯了员工的合法权益（如强制进行非必要的、侵入性的体检项目），员工有权提出异议，并可以通过合法途径维护自己的权益。

二、劳动合同层面

1. 若劳动合同中明确约定了体检条款：

   • 如果劳动合同中明确规定了员工有义务参加年度体检，并且该条款不违反法律法规的强制性规定，那么员工应当履行该义务。
   • 但如果劳动合同中的体检条款存在不合理之处（如体检频率过高、项目过多等），员工可以与用人单位协商修改，或通过劳动争议调解、仲裁等途径解决。

2. 若劳动合同中未明确约定体检条款：

   • 此时，体检是否成为员工的义务取决于企业规章制度的规定以及双方的实际履行情况。
   • 如果企业规章制度中有相关规定，并且员工在入职时已同意遵守，那么员工应当参加体检。
   • 如果既无劳动合同约定，也无规章制度规定，那么体检通常不会被视为员工的强制义务。

三、集体合同层面

集体合同是用人单位与全体职工或者职工代表大会代表订立的书面协议，通常涉及劳动报酬、工作时间、休息休假、劳动安全卫生等事项。如果集体合同中明确规定了年度体检的条款，并且该条款不违反法律法规的强制性规定，那么员工应当遵守。但同样，如果集体合同中的体检条款存在不合理之处，员工可以通过合法途径提出异议。

四、法律建议

1. 对于员工：

   • 在入职前，应仔细阅读劳动合同和规章制度，了解其中关于体检的条款。
   • 如果对体检条款有异议，应及时与用人单位沟通，并尝试通过协商解决问题。
   • 如果认为体检条款侵犯了自己的合法权益，可以通过劳动争议调解、仲裁或诉讼等途径维护自己的权益。

2. 对于用人单位：

   • 在制定规章制度和劳动合同时，应确保体检条款的合理性和合法性。
   • 应尊重员工的意愿和选择，避免强制员工进行非必要的体检。
   • 如果员工对体检条款有异议，应积极与员工沟通，并尝试通过协商解决问题。

总结：员工是否可以选择不参加企业年度体检，需根据劳动合同、规章制度以及集体合同的具体规定来判断。如果存在不合理或违法的条款，员工有权提出异议并通过合法途径维护自己的权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。