非法转包的内部协议是无效的。以下从不同角度对此问题进行详细分析：
一、法律角度
违反法律强制性规定：
- 根据《中华人民共和国民法典》第一百五十三条，违反法律、行政法规的强制性规定的民事法律行为无效。非法转包行为直接违反了《中华人民共和国建筑法》中关于禁止转包的强制性规定，因此，基于该行为签订的内部协议自然无效。
损害公共利益：
- 非法转包可能导致工程质量无法保障，进而威胁公共安全和社会利益。这种对公共利益的潜在危害也是导致协议无效的重要因素。
二、协议内容角度
主体不适格：
- 内部承包协议要求承包人必须为企业内部员工。若非法转包的内部协议中，承包人并非企业内部员工，则主体不适格，可能导致协议效力存在问题。
权利义务分配不合理：
- 协议中权利义务分配、承包标的、费用支付等条款应明确合理。非法转包的内部协议往往存在权利义务分配不均、承包费过低或过高显失公平等问题，这些都可能影响协议的有效性。
三、实际后果角度
合同无效：
- 一旦非法转包的内部协议被认定为无效，双方当事人均不能依据该协议主张权利或履行义务。这意味着，转包方不能要求支付转包费用，而实际施工人也无权依据该协议要求承包方承担违约责任。
非法所得收缴：
- 根据相关法律法规，人民法院有权收缴当事人因非法转包而取得的非法所得。这不仅是对违法行为的经济制裁，也是对市场秩序的一种维护。
工程质量与折价补偿：
- 尽管转包协议无效，但如果建设工程经验收合格，实际施工人可以参照合同关于工程价款的约定请求折价补偿。然而，这并不意味着非法转包行为得到了认可，而是出于公平原则对实际施工人劳动成果的合理补偿。同时，工程质量仍然是衡量是否能否获得补偿的关键因素。若工程质量不合格，实际施工人可能无法获得补偿，甚至需要承担修复或赔偿责任。
四、建议与风险提示
严格遵守法律法规：
- 鉴于非法转包的严重后果，建议所有参与工程建设的企业和个人严格遵守相关法律法规，避免签订或参与任何形式的非法转包协议。
及时咨询专业律师：
- 若已涉及非法转包协议，建议及时咨询专业律师，了解法律后果及风险防范措施。律师可以根据具体情况提供法律意见和解决方案，帮助当事人维护自身合法权益。
注意证据收集与保存：
- 在涉及非法转包协议的纠纷中，证据的收集与保存至关重要。当事人应注意保留与协议签订、履行相关的所有证据，如协议文本、付款凭证、沟通记录等，以便在纠纷发生时能够提供有力的证据支持。
综上所述，非法转包的内部协议是无效的，且可能引发一系列法律后果。因此，遵守法律法规、规范市场行为是每一位参与者的责任和义务。如有任何法律问题或疑虑，请直接向我咨询。