结论前置：工程款纠纷与工资拖欠问题，可分别向当地住房和城乡建设部门（住建局）和人力资源与社会保障部门（人社局）投诉，具体流程需结合纠纷性质选择行政调解、劳动仲裁或司法诉讼途径。以下为详细分析：
一、工程款纠纷：住建部门主导，合同审查为核心
管辖部门
根据《保障农民工工资支付条例》及《建筑工程施工发包与承包违法行为认定查处管理办法》，工程款纠纷（含农民工工资专项账户资金）的主管部门为县级以上地方人民政府住房和城乡建设部门（住建局）。若涉及政府投资项目，可同步向财政部门反映资金拨付情况。
处理流程
- 投诉准备：收集施工合同、工程量清单、付款凭证、催款记录等证据，明确欠款方（建设单位/总包单位/分包单位）及金额。
- 提交材料：向项目所在地住建局提交书面投诉，附证据清单及诉求（如支付工程款、违约金等）。
- 行政调解：住建局可组织双方调解，要求欠款方限期支付；若调解失败，可出具《行政处理建议书》或移送劳动监察部门处理农民工工资问题。
- 司法衔接：若行政途径无效，可依据《民法典》合同编向法院提起民事诉讼，申请财产保全或强制执行。
法律依据
- 《保障农民工工资支付条例》第56条：住建部门对拖欠工程款导致农民工工资拖欠的，可责令限期清偿，并处罚款。
- 《民法典》第807条：发包人未支付工程价款的，承包人可催告后依法拍卖工程。
二、工资拖欠：人社部门主导，劳动仲裁为前置
管辖部门
根据《劳动保障监察条例》，工资拖欠问题的主管部门为县级以上地方人民政府人力资源和社会保障部门（人社局），下设劳动监察大队负责具体执法。
处理流程
- 投诉准备：收集劳动合同、工资条、考勤记录、银行流水等证据，明确用人单位名称及拖欠金额。
- 提交材料：向用人单位所在地人社局提交书面投诉，附证据清单及诉求（如支付工资、经济补偿等）。
- 劳动监察调查：人社局可要求用人单位限期提供工资支付凭证，逾期不提供的，可依据《劳动保障监察条例》第26条责令支付，并加付50%-100%赔偿金。
- 劳动仲裁：若用人单位拒不执行，可向劳动争议仲裁委员会申请仲裁（时效1年），仲裁裁决后仍不履行的，可向法院申请强制执行。
- 刑事追责：若用人单位以逃匿等方法逃避支付劳动报酬，数额较大且经政府责令支付仍不支付的，可依据《刑法》第276条之一追究拒不支付劳动报酬罪。
法律依据
- 《劳动法》第50条：工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人。
- 《劳动合同法》第85条：用人单位未及时足额支付劳动报酬的，由劳动行政部门责令限期支付，逾期不支付的，加付赔偿金。
三、关键区别与注意事项
- 主体差异：工程款纠纷可能涉及多方主体（如建设单位、总包、分包），需明确合同相对方；工资纠纷主体为用人单位与劳动者。
- 证据要求：工程款需证明工程量及验收合格，工资需证明劳动关系及欠薪金额。
- 时效限制：劳动仲裁时效为1年，民事诉讼时效为3年，需及时主张权利。
- 联合处理：若工程款拖欠导致农民工工资问题，可同步向住建局和人社局投诉，形成监管合力。
建议：若您面临此类问题，可先整理证据材料，根据纠纷性质选择对应部门投诉。如需进一步法律分析或文书起草，可直接向我咨询。