结论：机关保密文件在处理过程中，若因文件保密性要求不能给盖章员看，但需盖章，这一做法本身并不直接违法，但需确保整个流程符合法律法规及内部管理规定，且不得损害盖章员的合法权益。
分析：
保密文件的特殊性：
- 保密文件因其内容涉及国家秘密、工作秘密或商业秘密等，具有高度的敏感性和保密性。在处理这类文件时，必须严格遵守相关的保密法律法规和内部管理规定。
盖章流程的合法性：
- 盖章是文件生效或确认的重要环节。对于保密文件，虽然其内容不能随意泄露，但盖章行为本身并不涉及文件内容的泄露。因此，从法律角度讲，因保密需要而不让盖章员直接查看文件内容，但通过其他合法方式（如由专人监督、使用密封方式传递等）确保盖章的合法性和有效性，并不直接违反法律规定。
盖章员的权益保障：
- 在处理保密文件时，虽然盖章员可能无法直接查看文件内容，但机关应确保盖章员了解其盖章行为的法律意义和后果，并为其提供必要的法律培训和指导。同时，机关应采取合理措施保障盖章员的合法权益，如确保其工作环境的保密性、提供必要的保密设备等。
合规性审查：
- 机关在处理保密文件时，应进行合规性审查，确保整个流程符合法律法规和内部管理规定。这包括但不限于：文件的定密是否准确、保密措施是否到位、盖章流程是否合法等。
建议：
- 完善内部管理规定：机关应制定完善的保密文件处理内部管理规定，明确保密文件的定义、分类、处理流程等，确保整个流程的合法性和有效性。
- 加强法律培训和指导：机关应定期对涉及保密文件处理的人员进行法律培训和指导，提高其法律意识和保密意识。
- 建立监督机制：机关应建立对保密文件处理流程的监督机制，确保整个流程的合规性和保密性。
可能的法律后果：
- 如果机关在处理保密文件时违反了相关法律法规或内部管理规定，可能会面临行政处罚、法律责任等后果。同时，如果因处理不当导致文件内容泄露，还可能对国家安全、公共利益等造成损害。
总结：机关在处理保密文件时，因保密需要而不让盖章员直接查看文件内容但需盖章的做法本身并不直接违法，但需确保整个流程符合法律法规及内部管理规定，并采取合理措施保障盖章员的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律指导，可以直接向我咨询。