工程审计报告中有公司盖章但没有法人签字，其有效性需根据具体情况及相关法律规定来判断，不能一概而论。以下从不同角度进行分析：
一、从合同或文件效力的一般原则来看
公司盖章的效力：
- 公司盖章是公司对外表示其意思表示的一种方式，具有法律效力。在工程审计报告中，公司盖章通常意味着公司认可该报告的内容。
法人签字的效力：
- 法人签字是法人代表公司进行意思表示的一种方式。然而，并非所有公司文件都必须有法人签字才生效。关键在于公司章程、内部规定或相关法律法规是否明确要求法人签字。
二、从工程审计报告的特定要求来看
行业惯例与规定：
- 工程审计报告作为专业性文件，其有效性可能受到行业惯例、规范或标准的影响。如果行业惯例或规范中明确要求工程审计报告必须有法人签字，那么没有法人签字的报告可能被视为无效。
合同约定：
- 如果工程审计报告是依据特定合同或协议编制的，那么合同或协议中可能明确规定了报告的形式要求，包括是否需要法人签字。在这种情况下，应遵循合同或协议的约定。
三、从法律后果与风险防范来看
法律后果：
- 如果工程审计报告没有法人签字但公司已盖章，且该报告被用于决策或法律程序，一旦出现问题，公司可能需要承担相应的法律责任。因为盖章本身即代表了公司的认可。
风险防范：
- 为避免潜在的法律风险，建议公司在出具工程审计报告时，既加盖公司公章，又由法人或授权代表签字。这样既能体现公司的正式认可，又能确保报告的合法性和有效性。
四、实际操作建议
- 核查公司章程与内部规定：首先应核查公司章程和内部规定，确认是否对工程审计报告的签字要求有明确规定。
- 遵循行业惯例与规范：如果公司章程和内部规定没有明确要求，应遵循行业惯例和规范，确保报告符合行业要求。
- 完善合同条款：在签订相关合同时，应明确约定工程审计报告的形式要求，包括是否需要法人签字等。
- 咨询专业律师：如果对工程审计报告的有效性存在疑虑，建议咨询专业律师，以获取更具体的法律意见。