当发现客户物料在乙方仓库被盗时，您可以按照以下步骤来处理，以确保问题得到妥善解决并尽量减少损失：
一、立即保护现场
- 封锁仓库：第一时间对仓库进行封锁，防止无关人员进入，以免破坏现场遗留的脚印、指纹等关键证据。
- 设置警示标识：在仓库周边设置明显的警示标识，提醒人员注意并避免进入。
二、迅速报警
- 拨打报警电话：立即拨打当地公安机关的报警电话，向警方详细说明被盗的具体时间、仓库的准确地点。
- 提供被盗物品清单：准备一份详细的被盗物品清单，包括物品名称、数量以及估算价值等信息，以便警方了解案情。
三、积极配合警方调查
- 提供线索：将自己掌握的线索，如仓库的监控录像、物品出入库记录等，毫无保留地提供给警方，有助于警方缩小侦查范围，更快破案。
- 协助询问：在警方询问相关人员时，积极配合并提供必要的协助。
四、联系保险公司（如适用）
- 及时通知：若仓库此前已购买保险，要及时联系保险公司，告知被盗情况。
- 提供资料：按照保险公司的要求，如实提供各类相关资料，如报警记录、被盗物品清单等，以便尽快启动理赔程序。
五、内部自查与改进
- 全面自查：对仓库的管理流程展开全面自查，重点检查门禁制度是否严格执行、人员出入登记是否规范、监控系统运行是否正常等。
- 找出漏洞：通过自查找出管理中可能存在的漏洞，如安全制度不完善、监控盲区等。
- 及时改进：针对找出的漏洞，及时制定改进措施并付诸实施，以防止类似盗窃事件再次发生。
六、后续跟进与沟通
- 与警方保持联系：定期与警方沟通案件进展，了解破案情况。
- 与客户沟通：及时将被盗情况及处理进展告知客户，保持透明沟通，以维护客户关系。
在处理过程中，还需注意以下几点：
- 准确估算被盗物品价值：在报警时，应尽量准确估算被盗物品的价值，以免影响警方对案件的判断。
- 保护商业秘密的同时配合调查：在提供线索时，如涉及商业秘密，应在合理范围内配合警方调查，避免泄露敏感信息。
- 及时启动理赔程序：如已购买保险，应及时通知保险公司并启动理赔程序，以减少损失。
通过以上步骤，您可以有效应对客户物料在乙方仓库被盗的问题，并尽量减少损失和影响。