在法人变更离任审计截止到6月，而新法人行政许可在9月的情况下，关于这期间谁签字负责的问题，需要分情况讨论：

1. 若原法人离任审计已完成，但新法人尚未取得行政许可：

   • 在此期间，公司的日常经营和管理通常仍由原法人或其指定的临时负责人进行，但具体签字责任需依据公司章程或内部管理规定来确定。若公司章程或内部规定明确在此过渡期间由某特定人员（如原法人、新法人候选人或公司高管）负责签字，则应遵循该规定。
   • 若无明确规定，从法律风险防控的角度出发，建议公司在此期间尽量减少重大决策或合同的签署，或确保签署前获得所有相关方的明确同意，以避免潜在的法律纠纷。

2. 若原法人离任审计未完成，且新法人尚未取得行政许可：

   • 在这种情况下，原法人仍需对其在职期间的决策和行为负责，包括参与相关文件的签署，直到其正式离任且离任审计完成。
   • 同时，公司应尽快完成离任审计，并协助新法人办理行政许可手续，以确保公司运营的连续性和合法性。在此期间，若需签署重要文件，建议由原法人、新法人候选人（若已确定且符合签署条件）或公司其他授权高管共同签署，以分散风险。

3. 从法律合规角度的一般建议：

   • 无论何种情况，公司都应确保在法人变更过程中，所有签署的文件和决策都符合相关法律法规和公司章程的规定。
   • 若在此期间发生任何法律纠纷或争议，公司应及时咨询专业律师，以获取针对性的法律建议和解决方案。

额外提醒：

• 法人变更是一个涉及公司治理、合同管理、税务申报等多个方面的复杂过程，需要谨慎处理。
• 在此期间，公司应特别注意保持与相关监管机构的沟通，确保所有变更手续都按时、按要求完成。
• 若对具体签署责任或变更流程有任何疑问，建议直接咨询我或相关领域的专业律师，以获取准确、可靠的法律建议。

如有任何法律问题或需要进一步的法律咨询，请直接向我提问。