根据您提供的情况和参考信息，我们可以得出以下结论：

舅舅有底案（即受过刑事处罚）通常不会影响到外甥当兵的政治考核。根据《军队征集和招录人员政治考核规定》，政治考核主要关注的是应征公民本人及其家庭成员、配偶的父母、以及未共同生活的兄弟姐妹的政治情况。在这里，“家庭成员”主要指的是配偶、父母、子女以及共同生活的兄弟姐妹等直系亲属和关系紧密的旁系亲属。而舅舅作为旁系亲属，且未与外甥共同生活，因此其犯罪记录一般不会被纳入外甥当兵的政治考核范围。

然而，也需要注意一些特殊情况。如果舅舅是外甥的监护人或直接抚养人，并因此构成了法律关系，那么舅舅的犯罪记录可能会对外甥的政治考核产生一定影响。此外，如果舅舅的犯罪行为涉及到危害国家安全、民族分裂、暴力恐怖等严重问题，且外甥与舅舅有较为紧密的联系或受其影响较深，那么这也可能成为政治考核组考虑的一个因素。

总的来说，舅舅有底案一般不会影响到外甥当兵的政治考核。但具体情况还需根据政治考核组的相关规定和实际情况进行综合判断。如果您对此仍有疑虑或需要更详细的解答，建议咨询当地征兵办公室或相关部门以获取更准确的信息。