公司委托个人进行研发时，付款方式需根据双方协商及法律规定来确定，核心结论如下：

1. 明确合同条款
   首先，双方应签订书面委托研发合同，明确付款方式、金额、时间节点及验收标准。合同中需约定：

   • 付款阶段：例如按项目进度分期支付（如合同签订后付30%，中期验收付40%，最终验收付30%）；
     
   • 付款条件：明确研发成果的交付形式、验收标准及未达标的处理方式；
     
   • 违约责任：若个人未按时完成研发或成果不符合要求，公司可扣减款项或要求赔偿。
     法律依据：根据《民法典》合同编，书面合同是保障双方权益的基础，避免口头约定导致的纠纷。

2. 选择合法付款方式

   • 银行转账：最安全的方式，需备注款项用途（如“研发费-XX项目”），并保留转账记录作为付款凭证；
     
   • 第三方平台：若通过支付宝、微信等支付，需在合同中约定并保留电子凭证；
     
   • 现金支付：需个人出具收条并签字，但建议尽量避免，以防举证困难。
     风险提示：避免以“借款”“投资”等名义支付，否则可能被认定为其他法律关系，影响权益主张。

3. 税务合规处理

   • 个人代开发票：若个人为研发提供劳务，公司支付款项时需要求其到税务局代开“劳务报酬”发票，否则公司可能无法税前扣除；
     
   • 个税代扣代缴：公司作为支付方，需按“劳务报酬所得”预扣预缴个人所得税（税率20%-40%），并在次年协助个人办理汇算清缴；
     
   • 特殊情形：若个人注册为个体工商户，可按“经营所得”纳税，税率更低，但需提前办理工商登记。
     法律依据：根据《个人所得税法》及实施条例，支付方有代扣代缴义务，否则可能面临罚款。

4. 知识产权归属约定
   合同中需明确研发成果的知识产权归属（如专利、著作权），通常约定归公司所有，但个人可享有署名权。若未约定，可能引发纠纷。
   案例参考：曾有公司委托个人开发软件，未约定知识产权，后个人以著作权人名义主张权利，导致公司损失。

行动建议：

• 签订详细书面合同，明确付款、验收、知识产权等条款；
  
• 优先选择银行转账并保留凭证，避免现金支付；
  
• 督促个人代开发票并代扣代缴个税，确保税务合规；
  
• 若研发金额较大，可考虑通过律师事务所或公证处对合同进行见证。
  

如有具体合同条款或付款纠纷，可进一步向我咨询，我会结合实际情况提供法律意见。