非恶意逾期证明由公司金融部开具，其有效性需视具体情况及开具内容而定，不能一概而论说有效或无效。以下从不同角度为您详细分析：
一、证明的有效性基础
证明内容真实性：
- 无论哪个部门开具的证明，其核心要件是内容的真实性。公司金融部开具的非恶意逾期证明，必须真实反映借款人的逾期原因、逾期时长、是否已补缴等关键信息。
- 若证明内容虚假或误导，不仅无法起到证明作用，还可能引发法律纠纷，对开具方和借款人都不利。
证明格式与规范性：
- 证明应包含明确的标题、正文、落款和日期等基本要素，格式规范，易于识别和理解。
- 金融部作为公司内部部门，其开具的证明在格式上可能不如专业法律机构或金融机构出具的证明那么标准，但只要内容真实、清晰，仍可被接受。
二、证明的使用场景与接受度
银行或金融机构内部审核：
- 在银行或金融机构进行贷款审批、信用评估等内部审核时，非恶意逾期证明可能作为辅助材料被考虑。
- 金融部作为公司内部与资金、财务密切相关的部门，其开具的证明在一定程度上可能被银行或金融机构认可，但具体接受度还需看各机构的规定和审核标准。
外部法律纠纷或诉讼：
- 在涉及金融借款、信用纠纷等外部法律纠纷或诉讼中，非恶意逾期证明的效力可能受到质疑。
- 法院或仲裁机构在审理此类案件时，更注重证明的法律效力和证据的充分性。金融部开具的证明，若未经法律程序确认或缺乏其他证据支持，可能难以被直接采纳。
三、建议与注意事项
优先选择权威机构开具证明：
- 若可能，建议借款人优先选择银行、金融机构或专业法律机构开具的非恶意逾期证明，这些机构出具的证明在法律效力和接受度上通常更高。
确保证明内容完整、真实：
- 无论哪个部门开具证明，都应确保内容完整、真实，包括逾期原因、逾期时长、补缴情况等关键信息。
- 如有必要，可附上相关证据材料，如还款记录、沟通记录等，以增强证明的说服力。
咨询专业法律意见：
- 在涉及重要法律事务时，建议借款人咨询专业法律意见，以确保自身权益得到充分保障。
- 作为专业律师，我可以在债权债务、建设工程等领域为您提供全面的法律咨询和帮助。
总结来看，公司金融部开具的非恶意逾期证明，其有效性并非绝对，而是取决于证明内容的真实性、格式规范性以及使用场景和接受度。在涉及重要法律事务时，建议借款人谨慎对待，并咨询专业法律意见。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。