补充协议约定最终付款金额，并不直接等同于取消之前的违约金条款，这两者是独立的合同内容，其效力取决于具体的协议条款和法律规定。以下从不同角度进行分析：

1. 合同条款的独立性

• 合同中的各项条款，包括付款金额、违约金等，通常是相互独立的。除非协议中明确约定“最终付款金额的确定即视为对之前违约金条款的取消”，否则，仅凭最终付款金额的约定，并不能直接推断出违约金条款已被取消。
• 例如，如果原合同中规定了违约金，而补充协议中仅对最终付款金额进行了调整，并未提及违约金条款的变更或取消，那么违约金条款仍然有效。

2. 协议的具体约定

• 补充协议的内容是关键。如果补充协议中明确写有“双方同意，最终付款金额的确定即视为对之前所有违约金条款的取消”，那么在这种情况下，违约金条款确实会被视为已取消。
• 但如果补充协议中没有这样的明确约定，或者约定模糊不清，那么就不能简单地认为违约金条款已被取消。此时，需要依据原合同和补充协议的整体内容，以及相关法律法规，来综合判断违约金条款的效力。

3. 法律法规的适用

• 根据《中华人民共和国民法典》等相关法律法规，合同条款的变更或取消需要双方当事人的明确约定。如果补充协议中没有对违约金条款进行明确的变更或取消，那么该条款仍然具有法律效力。
• 如果一方当事人认为补充协议中的最终付款金额约定实际上取消了违约金条款，而另一方当事人不认可，那么这可能会引发合同纠纷。在这种情况下，需要依据相关法律法规和合同条款，通过协商、调解、仲裁或诉讼等方式来解决纠纷。

4. 实际操作建议

• 在签订补充协议时，如果双方确实有意取消之前的违约金条款，那么应该在协议中明确写明这一点，以避免后续可能产生的纠纷。
• 如果对补充协议中的条款存在疑问或不确定，建议及时咨询专业律师，以确保自己的权益得到保障。

举例说明：假设原合同中规定，如果一方违约，需要支付合同总金额的10%作为违约金。后来，双方签订了补充协议，对最终付款金额进行了调整，但并未提及违约金条款的变更或取消。在这种情况下，如果一方违约，另一方仍然有权要求支付合同总金额的10%作为违约金。

总结与建议：补充协议约定最终付款金额，并不直接等同于取消之前的违约金条款。在签订补充协议时，双方应明确约定各项条款的变更或取消情况，以避免后续可能产生的纠纷。如果有任何疑问或不确定，建议直接向我咨询，我会根据具体情况提供专业的法律意见。