责令停工通知书的主体是行政机关。具体分析如下：
一. 责令停工通知书的性质与主体
性质：责令停工通知书是行政机关在行政管理过程中，针对违反相关法律法规或规章制度的单位或个人，依法作出的一种具体行政行为，要求其停止特定的生产、经营或建设活动。
主体：根据责令停工通知书的性质，其主体必然是具有行政管理职权的行政机关。这些机关包括但不限于安全生产监督管理部门、环境保护部门、建设行政主管部门等，它们依据各自的职责范围，对违反相关法律法规的行为进行查处，并作出责令停工的决定。
二. 法律依据
责令停工通知书的作出，通常依据的是相关法律法规的明确规定，如《中华人民共和国安全生产法》、《中华人民共和国环境保护法》以及《中华人民共和国建筑法》等。这些法律中，均赋予了相关行政机关在特定情况下作出责令停工决定的权力。
三. 实际应用
在实际应用中，行政机关在作出责令停工决定前，通常会进行详细的调查取证，确保违法事实的存在，并按照法定程序向当事人送达责令停工通知书。当事人收到通知书后，必须立即停止相关活动，并按照要求进行整改。如未在规定期限内完成整改或拒不执行停工决定，行政机关将有权采取进一步的法律措施，如罚款、吊销许可证等。
综上所述，责令停工通知书的主体是行政机关，它们依据相关法律法规的授权，对违反法律法规的行为进行查处，并作出相应的行政决定。如有进一步需要，您可以继续咨询我。