合同中约定土地矛盾纠纷由乙方自行处理，并自行承担由此造成的损失，这一条款的合法性及合理性需根据具体情况分析。
一. 合法性分析
合同自由原则：根据《中华人民共和国民法典》第五条，民事主体从事民事活动，应当遵循自愿原则，按照自己的意思设立、变更、终止民事法律关系。因此，合同双方有权在合同中约定各自的权利和义务，包括纠纷的处理方式和损失承担。
不违反法律法规：只要该约定不违反法律法规的强制性规定，不损害国家、集体或第三人的合法权益，不违背公序良俗，即应认定为有效。例如，如果土地矛盾纠纷涉及土地使用权争议，而乙方并非土地使用权人，那么该约定可能因违反法律法规而无效。
二. 合理性分析
风险分配：合同中约定乙方自行处理土地矛盾纠纷并承担损失，实际上是将相关风险全部转移给了乙方。这种风险分配是否合理，取决于双方的地位、能力、信息对称程度以及合同的其他条款。
公平原则：根据《中华人民共和国民法典》第六条，民事主体从事民事活动，应当遵循公平原则，合理确定各方的权利和义务。如果乙方在签订合同时处于弱势地位，或者对土地矛盾纠纷的性质和后果缺乏充分了解，那么该约定可能因违反公平原则而被认为不合理。
三. 结论与建议
结论：综上所述，合同中约定土地矛盾纠纷由乙方自行处理并承担损失，其合法性及合理性需根据具体情况判断。如果双方地位平等、信息对称，且该约定不违反法律法规，那么可以认为该条款是合法且合理的。然而，如果存在地位不平等、信息不对称或违反法律法规的情况，那么该条款可能被视为不合法或不合理。
建议：在签订此类合同时，双方应充分协商，确保条款的合法性、合理性和公平性。如果乙方对条款存在疑虑或担忧，可以寻求专业法律意见或咨询相关机构。同时，双方也可以考虑在合同中增加一些灵活性条款，以应对可能出现的不可预见情况。
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