个人车辆挂靠运输公司时，运费起诉的主体需根据具体情况确定，一般而言，若合同以个人名义签订，则以个人名义起诉；若以公司名义签订，则需考虑公司是否授权或参与合同履行。以下从不同角度进行详细分析：
一、合同签订主体与起诉主体的一致性
若运费合同由个人与托运方直接签订：
- 在此情况下，个人作为合同的一方，享有合同权利并承担合同义务。因此，当运费未得到支付时，个人有权以自己的名义向法院提起诉讼，要求托运方支付运费。
- 法律依据：根据《中华人民共和国民法典》中关于合同的规定，合同当事人有权就合同纠纷提起诉讼。
若运费合同由运输公司与托运方签订：
- 若合同明确约定运费支付给运输公司，且个人仅作为挂靠方参与运输，未直接与托运方形成合同关系，则个人通常不能直接以自己的名义起诉要求支付运费。
- 但若个人能证明其实际承担了运输任务，且运费应归其所有（如通过挂靠协议等证据），同时运输公司同意或授权个人代为起诉，则个人可能以运输公司名义或经授权后以自己名义起诉。不过，这种情况较为复杂，需具体分析合同条款及挂靠协议内容。
二、挂靠关系的法律影响
- 挂靠协议的重要性：挂靠协议是确定个人与运输公司之间权利义务关系的关键文件。若协议中明确约定了运费的归属及支付方式，则应按照协议执行。
- 实际运输人的权益保护：即使运费合同由运输公司签订，若个人作为实际运输人完成了运输任务，且运费应归其所有，个人仍有权通过合法途径维护自己的权益。这可能包括与运输公司协商、通过法律途径解决纠纷等。
三、法律建议与操作指南
审查合同条款：
- 在起诉前，务必仔细审查运费合同的条款，确定合同签订主体、运费支付方式及争议解决方式等关键信息。
收集证据：
- 收集与运输任务相关的所有证据，包括运输单据、挂靠协议、沟通记录等，以证明个人实际承担了运输任务且运费应归其所有。
咨询专业律师：
- 由于挂靠关系及运费纠纷可能涉及复杂的法律问题，建议咨询专业律师以获取准确的法律意见和操作指南。不过，就本问题而言，我已提供了基本的法律框架和建议。
考虑起诉主体：
- 根据合同条款、挂靠协议及实际情况，确定合适的起诉主体。若合同以个人名义签订，则以个人名义起诉；若以公司名义签订且个人无直接合同关系，则需考虑公司是否授权或参与合同履行等因素。
总结来说，个人车辆挂靠运输公司时运费起诉的主体并非固定不变，而是需根据合同签订主体、挂靠关系及实际情况综合确定。在处理此类纠纷时，建议仔细审查合同条款、收集证据并咨询专业律师以确保权益得到妥善保护。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。