结论是：能否起诉法院把钱追回来，需视具体情况而定，但直接起诉法院要求返还划走的款项通常不可行，可通过申请执行异议、提起执行异议之诉或国家赔偿等途径寻求救济。以下是对此问题的详细分析：
一、法院划走分公司款项的合法性基础
在总公司涉及法律纠纷且其财产不足以清偿债务时，若分公司财产在法律上被视为总公司财产的一部分（这取决于分公司的法律地位及是否具备独立法人资格），法院在执行过程中可能会将分公司的财产纳入执行范围。这种划扣行为通常基于法院对案件事实的认定和法律适用，若执行程序合法，则直接起诉法院要求返还划走的款项缺乏法律依据。
二、可能的救济途径
申请执行异议：
- 若认为法院的执行行为存在错误，如错误地划扣了不属于执行范围的财产，可以向执行法院提出书面异议。
- 执行法院应当自收到书面异议之日起十五日内审查，理由成立的，裁定中止对该财产的执行；理由不成立的，裁定驳回。
提起执行异议之诉：
- 若对执行法院的裁定不服，可以在收到裁定之日起十五日内向执行法院提起执行异议之诉。
- 通过诉讼程序，可以进一步审查执行行为的合法性，并寻求法院对错误执行行为的纠正。
国家赔偿：
- 若认为法院的执行行为违法且造成了损害，可以依据《国家赔偿法》的规定，向法院提出国家赔偿申请。
- 但需注意，国家赔偿的适用条件较为严格，通常要求执行行为存在重大违法且造成了实际损害。
三、实际操作中的注意事项
- 及时行动：一旦发现法院的执行行为可能存在问题，应尽快采取行动，以免错过申请执行异议或提起诉讼的时效。
- 证据收集：在申请执行异议或提起诉讼时，应充分收集证据，证明法院的执行行为存在错误或违法。
- 法律咨询：由于涉及复杂的法律程序和证据规则，建议在此过程中寻求专业律师的帮助，以确保权益得到有效维护。
四、特殊情况下的处理
- 若分公司具备独立法人资格：若分公司具备独立法人资格，且其财产独立于总公司，则法院无权直接划扣分公司的财产。此时，分公司可以独立身份提起诉讼，维护自身权益。
- 若划扣行为存在程序瑕疵：即使分公司财产在法律上被视为总公司财产的一部分，若法院在执行过程中存在程序瑕疵（如未依法送达执行通知书、未依法进行财产调查等），也可能成为申请执行异议或提起诉讼的理由。
建议：面对此类复杂情况，建议尽快咨询专业律师，以便根据具体情况制定合适的维权策略。如果你有进一步的法律问题或需要更具体的法律建议，可以直接向我咨询。