针对您提出的“两个车发生碰撞且双方是一个保险公司时，能否代位追偿”的问题，我们需要从保险法的相关规定以及代位追偿权的法律基础来进行分析。

首先，我们要明确代位追偿权的定义。根据《中华人民共和国保险法》第六十条第一款的规定，因第三者对保险标的的损害而造成保险事故的，保险人自向被保险人赔偿保险金之日起，在赔偿金额范围内代位行使被保险人对第三者请求赔偿的权利。这里的关键在于“第三者”的认定。

现在，我们考虑两个车发生碰撞且双方是一个保险公司的情况。在这种情况下，如果两车属于同一车主，那么当发生碰撞时，实际上并不存在一个独立的“第三者”来对保险标的造成损害。因为无论是哪辆车，其所有权人都属于同一主体，即车主自己。

从法律逻辑上讲，车主不能成为自己的侵权主体，也就是说，车主不能同时作为被保险人和代位求偿权中的“第三者”。如果允许保险公司代位追偿，那么就会出现车主自己向自己赔偿及求偿的情形，这显然是不合常理的，也有违保险制度设立的目的。

此外，即使两车不属于同一车主，但如果它们在同一保险公司投保，并且发生碰撞时责任无法明确划分，或者碰撞是由同一车主的驾驶员操作不当导致的，那么在这种情况下，保险公司也很难行使代位追偿权。因为代位追偿权的行使需要基于被保险人对第三者的追偿权，而在这个场景中，并不存在一个明确的、独立的第三者来承担赔偿责任。

综上所述，当两个车发生碰撞且双方是一个保险公司时，如果两车属于同一车主，或者碰撞责任无法明确划分且由同一车主的驾驶员操作不当导致，那么保险公司通常不能代位行使对“第三者”请求赔偿的权利。这是因为代位追偿权的行使需要基于一个明确的、独立的第三者来对保险标的造成损害，而在这种情况下，并不存在这样的第三者。