台风天公司进行调班一般是不合法的，以下从不同角度为你详细分析：
政府应急响应要求角度
根据《广东省防汛防旱防风条例》第四十条规定，受台风、暴雨、洪水灾害严重威胁的地区，县级以上人民政府或者其防汛防旱防风指挥机构应当根据受影响的程度和应急预案，宣布采取停课、停工、停产、停运、停业等一项或者多项必要措施。如果三防指挥部要求在应急响应期间全市范围内实行“五停”（停工、停业、停市、停课、停运），用人单位有义务遵守规定。此时公司进行调班，违反了政府要求，是不合法的。
劳动者权益保障角度
如果用人单位违反政府要求，强令员工出勤上班（包括调班上班），从保障员工生命健康的角度考虑，劳动者本人可以拒绝，此行为不构成旷工，且不应承担旷工的法律后果。如用人单位以员工旷工为由对员工进行处罚，其处罚行为无效；如用人单位以员工旷工为由予以辞职，属于典型的违法辞退，员工可以要求申请支付赔偿金。
工资支付角度
台风停工不能以调休冲抵，用人单位应当按规定支付停工期间工资。根据劳动法和《广东省工资支付条例》规定，休息日安排劳动者加班工作的，用人单位可以安排补休或者支付加班工资。然而，台风停工属于非劳动者原因造成的停工，不同于休息日加班。根据上述法律法规，台风停工期间用人单位应当按正常工作时间支付工资，而非安排调休。所以公司以调班来替代正常工资支付的做法是不合法的。
例外情况
不过，以下两类人员，还是需要听从单位安排出勤上班：
但这两类人员是特殊情况，并不影响对一般公司调班行为合法性的判断。
如果你所在的公司存在台风天调班的情况，且不符合上述例外情形，你可以先与公司进行沟通协商，若协商无果，可以向劳动监察部门投诉或者申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。有问题可以直接向我咨询。