事业单位违约金是否合法需根据具体情况判断。以下是详细分析：
一. 合法情形
专项培训服务期约定：
- 事业单位为员工提供了专项培训费用，并进行了专业技术培训，且与员工订立了协议，约定了服务期。若员工违反服务期约定，事业单位有权要求员工支付违约金，但违约金的数额不得超过事业单位提供的培训费用，且不得超过服务期尚未履行部分所应分摊的培训费用。
- 法律依据：《劳动合同法》第二十二条。
竞业限制约定：
- 事业单位与负有保密义务的员工在劳动合同或保密协议中约定了竞业限制条款，并在解除或终止劳动合同后给予了经济补偿。若员工违反竞业限制约定，事业单位有权要求员工支付违约金。
- 法律依据：《劳动合同法》第二十三条。
二. 不合法情形
无合法依据的违约金：
- 除服务期和竞业限制外，事业单位不得与员工约定由员工承担违约金。若事业单位在无合法依据的情况下要求员工支付违约金，则该约定不合法。
- 法律依据：《劳动合同法》第二十五条。
违反法律法规的违约金：
- 若事业单位在劳动合同签订过程中存在欺诈、胁迫等违法行为，导致员工被迫签订违约金条款，或违约金条款本身违反法律法规的强制性规定，则该违约金条款无效。
综上所述，事业单位违约金是否合法需根据具体情况及法律法规来判断。若存在合法依据，如专项培训服务期约定或竞业限制约定，且违约金的数额和条件符合法律法规的规定，则违约金合法。否则，违约金不合法。如有进一步需要，您可以继续咨询我。