村组长代表村小组撤回行政复议案件是否合法，需视具体情况而定，不能一概而论。以下从不同角度进行分析：
一、村组长的代表权限
法定代表权限：
- 根据《中华人民共和国村民委员会组织法》及相关规定，村组长作为村小组的负责人，通常具有一定的代表权限。然而，这种权限并非无限，而是受到法律和村规民约的约束。
- 若村小组有明确的规章制度或村民会议决议，规定了村组长在行政复议等法律事务中的代表权限和范围，则村组长需在此范围内行事。
授权与追认：
- 若村组长未经村民会议或村民代表会议的授权，擅自代表村小组撤回行政复议案件，则可能构成越权行为。
- 在此情况下，若村民会议或村民代表会议事后追认村组长的行为，则撤回可能被视为合法；若未追认，则村组长的行为可能被视为无效。
二、行政复议案件的性质与撤回条件
行政复议案件的性质：
- 行政复议是公民、法人或其他组织认为行政机关的具体行政行为侵犯其合法权益时，依法向行政复议机关提出申请，由行政复议机关对原具体行政行为进行审查并作出决定的一种法律制度。
- 行政复议案件涉及公共利益和法律秩序，因此其撤回需符合法定条件。
撤回条件：
- 根据《中华人民共和国行政复议法》及相关规定，申请人撤回行政复议申请需满足一定条件，如撤回申请需自愿、合法，且不得损害国家利益、社会公共利益和他人合法权益。
- 若村组长代表村小组撤回行政复议案件时，未满足这些条件，则撤回可能被视为不合法。
三、合法撤回的情形与建议
合法撤回的情形：
- 若村组长在代表村小组撤回行政复议案件前，已获得村民会议或村民代表会议的明确授权，且撤回申请符合法定条件（如自愿、合法，且未损害国家利益、社会公共利益和他人合法权益），则撤回可能被视为合法。
建议：
- 明确授权：村小组应通过村民会议或村民代表会议明确村组长在行政复议等法律事务中的代表权限和范围，避免越权行为的发生。
- 合法撤回：若需撤回行政复议案件，村组长应确保撤回申请符合法定条件，并尽可能获得村民会议或村民代表会议的追认。
- 法律咨询：在涉及行政复议等法律事务时，村小组和村组长应咨询专业律师，以确保行为的合法性和有效性。
四、可能面临的法律后果
若撤回不合法：
- 行政复议机关可能不予认可撤回申请，继续审理行政复议案件。
- 村小组和村组长可能面临行政复议机关的处罚或法律责任。
若撤回合法：
- 行政复议案件将终止审理。
- 村小组和村组长需承担撤回申请后的相关法律后果（如可能放弃某些合法权益）。
综上所述，村组长代表村小组撤回行政复议案件是否合法，需根据具体情况判断。在涉及此类法律事务时，建议村小组和村组长咨询专业律师，以确保行为的合法性和有效性。若您有任何法律问题或需要进一步的法律建议，请随时向我咨询。