结论前置：借款超过诉讼时效后，抵押权本身并不直接失效，但抵押权人在行使该权利时会受到法律的限制，且可能无法直接通过诉讼方式实现。
法律依据与解读
根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，我们可以从以下几个方面进行深入解读：
抵押权与主债权诉讼时效的关系：
- 抵押权作为一种从权利，其设立旨在保障主债权的实现。因此，抵押权的行使受到主债权诉讼时效的约束。当主债权的诉讼时效期间届满时，抵押权人若向人民法院请求行使抵押权，法院将不予支持。这并不意味着抵押权消灭，而是失去了国家强制力的保护，即抵押权人丧失了胜诉权。
抵押权的独立性：
- 抵押权作为物权的一种，具有追及效力和优先效力，其存在不依赖于诉讼时效。即使主债权的诉讼时效已经经过，抵押权人仍然享有对抵押物的优先受偿权（在抵押人自愿履行或未提出抗辩的情况下）。这是因为抵押权的设立是基于物权法律关系，与债权法律关系相对独立。
抵押权行使的限制：
- 尽管抵押权不因诉讼时效的经过而失效，但抵押权人在实现抵押权时可能会受到限制。例如，债务人或第三人以诉讼时效已经经过为由进行抗辩时，抵押权人可能无法通过诉讼方式直接实现抵押权。此时，抵押权人需要寻求其他合法途径来实现其权利，如与抵押人协商、通过仲裁或其他非诉讼方式等。
举例说明
假设甲向乙借款100万元，并由丙提供房屋作为抵押担保。借款期限为1年，自2023年1月1日起算。若甲在借款到期后未还款，且乙在主债权诉讼时效期间内（即至2026年1月1日前）未向甲主张债权并行使抵押权，则主债权的诉讼时效期间届满。
- 情况一：若乙在诉讼时效期间届满后向法院起诉要求行使对丙房屋的抵押权，法院将不予保护。因为此时主债权的诉讼时效已经经过，乙丧失了胜诉权。
- 情况二：若丙自愿配合乙办理房屋的过户等实现抵押权的手续，那么丙之后不能再以主债权诉讼时效已过为由要求乙返还房屋或相应利益。因为抵押权作为物权，其存在不依赖于诉讼时效，且丙的自愿履行行为构成了对抵押权的认可。
法律建议
- 及时行使权利：抵押权人应在主债权诉讼时效期间内及时行使抵押权，以避免丧失胜诉权。
- 保留证据：在行使抵押权的过程中，抵押权人应保留好相关证据，如借款合同、抵押合同、催收记录等，以备不时之需。
- 寻求合法途径：若主债权的诉讼时效已经经过，抵押权人仍可通过与抵押人协商、仲裁或其他非诉讼方式来实现其权利。
综上所述，借款超过诉讼时效后，抵押权本身并不失效，但抵押权人在行使权利时需谨慎考虑相关法律规定和可能的限制。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。