即使被告人在检察院签署了认罪认罚具结书，律师在后续诉讼过程中，若存在法定情形或新证据，仍然有权选择并进行无罪辩护。以下是对此问题的详细分析：
一、认罪认罚与无罪辩护的法律依据
认罪认罚从宽制度：该制度允许犯罪嫌疑人、被告人自愿放弃部分诉讼权利（如程序抗辩权），以换取司法机关在程序上从简、实体上从宽的处理。其核心在于当事人的“自愿性”和“明知性”。
辩护人的责任：根据《刑事诉讼法》第37条，辩护人的责任是根据事实和法律，提出犯罪嫌疑人、被告人无罪、罪轻或者减轻、免除其刑事责任的材料和意见，维护犯罪嫌疑人、被告人的诉讼权利和其他合法权益。这意味着，即使被告人签署了认罪认罚具结书，辩护人仍有责任根据事实和法律提出无罪辩护的意见，如果确实存在无罪的事实和理由。
二、可以进行无罪辩护的情况
存在法定排除非法证据情形：若在侦查、审查起诉等阶段存在刑讯逼供、威胁、引诱等非法方法收集证据的情况，这些非法取得的证据应依法予以排除。当关键证据被排除后，若剩余证据不足以支持指控，律师可据此提出无罪辩护。
事实认定存在重大争议：即使签署了认罪认罚具结书，若案件事实在关键环节上存在模糊不清、相互矛盾或缺乏足够证据支持，律师可根据实际情况提出无罪辩护。例如，证人证言之间、物证与证人证言之间存在明显矛盾，或犯罪现场勘查结果与指控难以吻合。
法律适用存在错误：若对案件的法律定性存在错误，即被告人的行为实际上并不符合刑法规定的犯罪构成要件，律师可进行深入法律分析，论证被告人无罪。例如，在经济纠纷中，若当事人的行为被错误地认定为合同诈骗罪，而实际上只是正常的商业风险承担或合同履行中的争议。
发现新证据或线索：在签署认罪认罚具结书后，如果被告人或其辩护人发现了新的证据或线索，能够证明被告人无罪，或者认为原有的指控存在错误，他们完全可以选择进行无罪辩护。
三、进行无罪辩护的限制和考量因素
充分的证据和合理的理由：无罪辩护不能仅凭主观臆断，必须有确实、充分的证据支持辩护观点，并且理由要符合法律规定和逻辑常理。
可能面临的风险：选择无罪辩护可能会影响认罪认罚从宽制度的适用，导致原本可能获得的从轻、减轻处罚机会丧失。同时，法院可能会重新评估被告人的认罪态度，并在量刑时予以考虑。例如，公诉人可能撤回原有的量刑建议，案件转入普通程序进行审理。
谨慎决策：被告人在签署认罪认罚具结书之前，应充分了解自己的权利和后果，并谨慎做出决定。若存在无罪情况或对指控有异议，应及时与律师沟通，选择合适的辩护策略。
四、实务中的处理模式
公诉人撤回量刑建议：若辩护人在庭审中坚持无罪辩护，公诉人可能认为当事人并非真诚认罪认罚，而是通过辩护人的无罪辩护否定控罪。由于认罪认罚的使用前提是当事人真诚悔罪、接受处罚，故公诉机关可以辩护人作无罪辩护为由合理怀疑当事人的悔罪态度，撤回原有的量刑建议，案件转入普通程序等程序进行审理。
法院不采纳量刑建议：根据刑诉法规定，对于认罪认罚案件，人民法院依法作出判决时，一般应采纳人民检察院指控的罪名或量刑建议，但具有特定情形的除外，如被告人否认指控的犯罪事实。这意味着，即使被告人认罪认罚，若律师提出无罪辩护且法院认为有理，可能不采纳公诉机关的量刑建议。
法院建议更改量刑建议：在辩护人坚持无罪辩护的情况下，人民法院可能认为被告人的认罪态度不够真诚，原有的量刑建议量刑过轻，并建议人民检察院予以调整。
总结来看，签署认罪认罚具结书并不等同于放弃无罪辩护的权利。在符合法律规定的情况下，被告人仍有权进行无罪辩护，以维护自己的合法权益。不过，是否进行无罪辩护应综合考虑案件事实、证据情况、法律适用以及可能面临的风险等因素，如果你有具体的案件或疑问，欢迎直接向我咨询。