针对您提出的“有营运证但资格证注销后，保险公司能否拒赔”的问题，以下是我的详细解答：
首先，我们需要明确的是，营运证是车辆进行合法经营性运输作业的重要依据。当车辆持有有效期内的营运证，并且已经按照保险合同的规定按时足额支付了保险费用时，从原则上讲，保险公司是不应该拒绝赔偿因意外事故造成的损失的。
然而，在实际操作中，理赔结果可能会受到多种因素的影响。这些因素包括但不限于：
保险合同条款细则：不同的保险公司和不同的保险产品，其合同条款可能会有所不同。有些条款可能明确规定了某些情况下保险公司可以拒赔，比如车辆未按照规定使用、营运证过期等。因此，在购买保险时，车主应仔细阅读合同条款，了解清楚保险公司的赔付范围和拒赔条件。
事故类型：事故的性质和严重程度也会影响保险公司的赔付决定。例如，如果事故是由于车主故意造成的，或者属于保险合同中明确排除的赔付范围，那么保险公司可能会拒绝赔付。
资格证注销的影响：虽然您提到车辆有营运证，但资格证的注销可能意味着驾驶员不再具备从事特定运输作业的资格。如果事故发生时，驾驶员的资格证已经注销，并且这一事实与事故的发生有直接关联（比如驾驶员因无资格证而操作不当导致事故），那么保险公司可能会以此为由拒绝赔付。不过，这并非绝对，具体还需看保险合同中的相关条款以及事故的具体情况。
是否存在违反保险合同约定的行为：如果车主或驾驶员在事故发生前存在违反保险合同约定的行为（如未按时年检、超载等），那么保险公司也可能会拒绝赔付。
建议：
综上所述，虽然车辆有营运证，但资格证的注销可能会在一定程度上影响保险公司的赔付决定。具体是否拒赔还需看保险合同中的相关条款以及事故的具体情况。