学校没有权利扣学生手机三年。以下是从不同角度对此问题的详细分析：

一、学校管理权限的边界

学校作为教育机构，确实享有一定的管理权限，这包括维护校园秩序、保障学生安全以及促进学生健康成长等。然而，这些管理权限并非无限制的。学校在行使管理权时，必须遵循法律法规的规定，尊重学生的合法权益，不得侵犯学生的财产权、隐私权等基本权利。扣留学生手机三年，显然超出了学校正常管理权限的范畴，是对学生财产权的一种侵犯。

二、学生财产权的保护

根据相关法律法规，学生的财产权受法律保护。手机作为学生的个人财产，其所有权和使用权归学生本人所有。学校无权擅自扣留学生的手机，更无权决定扣留的期限。如果学校因管理需要暂时保管学生的手机，也应当在合理的时间内归还给学生，并确保手机的完好无损。扣留手机三年，不仅违反了法律法规的规定，也损害了学生的合法权益。

三、学校可能面临的法律责任

如果学校擅自扣留学生的手机并长期不归还，学生或其家长有权向学校提出异议，并要求学校立即归还手机。如果学校拒绝归还，学生或其家长可以向教育主管部门投诉，或者通过法律途径维护自己的合法权益。在这种情况下，学校可能面临行政处罚、民事赔偿等法律责任。

四、建议与措施

1. 沟通协商：如果学校因管理需要暂时保管学生的手机，建议学校与学生或其家长进行沟通协商，明确保管的期限和条件，并在合理的时间内归还手机。
2. 制定合理规定：学校可以制定合理的手机使用规定，明确学生在校园内使用手机的限制和要求，以维护校园秩序和保障学生安全。但这些规定应当符合法律法规的规定，不得侵犯学生的合法权益。
3. 加强教育引导：学校应当加强对学生的教育引导，让学生认识到合理使用手机的重要性，并自觉遵守学校的规定。

如有任何法律疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。我会根据你的具体情况，为你提供专业、全面的法律建议。